Aqui está a exibição normal dos espaços em branco no PyCharm (pontos muito fracos):
Se eu sair do meu computador por um momento, quando eu voltar e acordar do modo de suspensão do computador, os espaços em branco aparecem assim:
Não encontrei outra solução além de fechar e reabrir o PyCharm para remover esses pontos volumosos e feios.
Estou usando o PyCharm 2022.1.1 (Community Edition) no Ubuntu 21.10, Linux 5.13.0-41-generic x86_64.
Aparentemente, este é um bug conhecido em versões mais recentes de muitos IDEs Jetbrains:
Existem algumas soluções alternativas que permitem remover a opacidade do ponto sem reiniciar o IDE: