A documentação do chrony adverte
ATENÇÃO: Certos softwares serão seriamente afetados por tais saltos no horário do sistema. (Essa é a razão pela qual o chronyd usa o giro normalmente.) Documentação
Mas a documentação não dá exemplos. Quais são os exemplos de software que serão seriamente afetados? O sistema operacional ou algum processo em segundo plano está em risco?