Depois de ler a documentação e muitos blogs, ainda não consigo descobrir o que está faltando no meu FileSet, então o Bareos faz backup apenas de arquivos csv e pdf:
FileSet {
Name = "HQ ccomp"
Include {
Options {
IgnoreCase = yes
WildFile = "*.csv"
WildFile = "*.pdf"
Exclude = no
}
File = "e:/folder/emails"
}
}