Instalar o Windows a partir de um pen drive é muito superior a gravar uma cópia em um DVD que encherá um aterro sanitário em algum lugar com coisas tóxicas. Sem mencionar que é cerca de 50x mais rápido instalar o Windows a partir de uma unidade USB.
Como você coloca os bits no pen drive para que você possa inicializar a partir dele e fazer uma instalação limpa?