Existem algumas opções para fazer backup de bancos de dados como este e, supondo que haja um mecanismo fácil para garantir a consistência (interromper temporariamente o banco de dados/bloquear o acesso de gravação, etc.), todos são aproximadamente semelhantes.

O principal (como Craig Estey menciona em seu comentário) é usar algum mecanismo para garantir que o que você escreve seja consistente. Não faz sentido fazer backup de um banco de dados se você for obter lixo!

Eu encontrei este link do Swift que mostra como eles aproveitaram LD_PRELOADe flock()bloquearam os arquivos Whisper e fizeram backup dos bancos de dados em um estado consistente. Parece que eles também abriram o código!

Em geral, para fazer backup de coisas como esta:

Tar-lo

Prós:

• Simples
• Portátil
• Nenhuma ferramenta adicional necessária
• A taxa de compressão é flexível (xz, gzip, bz2)

Contras:

• Potencialmente lento
• Backups incrementais são possíveis, mas um pouco complicados

Rsync

Prós:

• Também simples
• Velozes
• Backups incrementais são fáceis
• Compressão em trânsito

Contras:

• Usa SSH, portanto, se você não estiver copiando para um servidor remoto, pode ser mais lento do que outras ferramentas
• A compactação não está disponível no final sem usar tar/gzip etc.

Instantâneos do sistema de arquivos

Prós:

• Quase instantâneo
• Simples
• Provavelmente espaço eficiente?

Contras:

• Requer configuração das unidades com LVM/similar
• Não é tão simples quanto outras soluções.