Foi isso que eu tentei:
$a = (Get-ItemProperty -Path .\Desktop.ini -Name Attributes).Attributes
Set-itemproperty -Path .\Desktop.ini -Name Attributes -Value ($a -bor [System.IO.FileAttributes]::System)
Mas os atributos não são alterados (Get-itemproperty -Path .\Desktop.ini -Name Attributes).attributes)
retorna "Normal".