O programa de desduplicação jdupes permite criar hardlinks, para que os arquivos não sejam excluídos, mas vinculados entre si para que o espaço em disco seja usado apenas uma vez para múltiplas cópias.
Existe uma maneira de controlar qual arquivo duplicado é mantido? Normalmente isso não importaria, mas ao usar instantâneos de volume ou sistema de arquivos, a substituição de um arquivo em um instantâneo por um link para uma nova cópia somente libera espaço quando o instantâneo é excluído. Vincular o arquivo do instantâneo à nova cópia (que ainda não está em nenhum instantâneo) liberará espaço.