Este é o comando original, ele remove a parte entre o início e o fim que será especificada no comando:
ffmpeg -i input.ext -vf "select='not(between(t,start,end))', setpts=N/FRAME_RATE/TB" -af "aselect='not(between(t,start,end))', asetpts=N/SR/TB" output.ext
Existem opções melhores que não são recodificadas? Ou pelo menos é mais rápido?
Lembre-se de que desejo que o comando remova a peça entre o início e o fim e não a devolva.
Então, por exemplo, não é isso que estou procurando:
ffmpeg -ss start -i input.mp4 -c copy -t end output.mp4