Isso é sobre o DirectX que alguns aplicativos - em particular os jogos usam.
Se estou instalando um programa e ele oferece a instalação de uma versão anterior do direct x - digamos Directx9c, ele substitui sua versão atual (exemplo: Directx 12?)
Ou é semelhante ao caso do Microsoft Visual C++ Redistributables, onde você precisa de certas versões para executar vários programas?
Além disso - se você deseja instalar dois programas diferentes que são empacotados com o Directx9 e são oferecidos durante a instalação, você não precisa mais instalar o Directx9?
Todas as versões do DirectX funcionam juntas, uma versão mais antiga não substituiria uma versão mais recente, assim como a versão mais recente não substituiria uma versão mais antiga.
Na verdade, a maioria das instalações de jogos também instala sua própria versão do DirectX, para ter certeza do que está instalado. Embora o DirectX seja compatível com versões anteriores (dentro do razoável), o jogo precisa garantir que todos os módulos necessários estejam instalados.
O que costumo fazer quando um jogo ou programa se oferece para instalar o DirectX, é recusar se minha versão instalada for a mesma ou superior. Se ocorrerem problemas, instalo a versão DirectX do jogo para corrigi-los.