Qual é a diferença entre mount -a e mount -o remount /dir?

man mountdiz:

   -a, --all
          Mount all filesystems (of the given types) mentioned in fstab (except for those whose line contains the noauto keyword).  The filesystems are
          mounted following their order in fstab.

e

   remount
          Attempt to remount an already-mounted filesystem.  This is commonly used to change the mount flags for a filesystem,  especially  to  make  a
          readonly filesystem writable.  It does not change device or mount point.

          The  remount  functionality follows the standard way the mount command works with options from fstab.  This means that the mount command only
          doesn't read fstab (or mtab) when both the device and dir are specified.

          mount -o remount,rw /dev/foo /dir

          After this call all old mount options are replaced and arbitrary stuff from fstab (or mtab) is ignored, except  the  loop=  option  which  is
          internally generated and maintained by the mount command.

          mount -o remount,rw  /dir

          After  this call mount reads fstab and merges these options with the options from the command line (-o). If no mountpoint found in fstab than
          remount with unspecified source is allowed.

Então, essa é a diferença.

Agora, o que você deve usar depois de modificar /etc/fstab? Bem, isso depende. Se você tiver vários sistemas de arquivos /etc/fstabdesmontados, mount -airá montá-los todos. Isso pode não ser o que você deseja, mas também pode ser exatamente o que você deseja.

se /dirainda não estiver montado, você pode simplesmente mount /dir, o que deixará o restante dos sistemas de arquivos mencionados /etc/fstabsozinhos.

Retirado da página MAN:

Todos os arquivos acessíveis em um sistema Unix são organizados em uma grande árvore, a hierarquia de arquivos, com raiz em /. Esses arquivos podem ser distribuídos em vários dispositivos. O comando mount serve para anexar o sistema de arquivos encontrado em algum dispositivo à grande árvore de arquivos. Por outro lado, o comando umount irá desanexá-lo novamente.

moun-a (geralmente fornecido em um script de inicialização) faz com que todos os sistemas de arquivos mencionados em fstab (do tipo apropriado e/ou tendo ou não as opções apropriadas) sejam montados conforme indicado, exceto aqueles cuja linha contém a palavra-chave noauto. Adicionar a opção -F fará a bifurcação da montagem, de modo que os sistemas de arquivos sejam montados simultaneamente. Ao montar um sistema de arquivos mencionado em fstab ou mtab, basta fornecer apenas o dispositivo ou apenas o ponto de montagem.

No caso de mount -o remount /dir , o conjunto completo de opções de montagem usado por uma invocação de mount é determinado extraindo primeiro as opções de montagem para o sistema de arquivos da tabela fstab e, em seguida, aplicando quaisquer opções especificadas pelo argumento -o, e, finalmente, aplicando uma opção -r ou -w, quando presente. Algumas dessas opções são úteis apenas quando aparecem no arquivo /etc/fstab e algumas dessas opções podem ser habilitadas ou desabilitadas por padrão no kernel do sistema. Para verificar a configuração atual, consulte as opções em /proc/mounts.

A opção remontar tenta remontar um sistema de arquivos já montado. Isso é comumente usado para alterar os sinalizadores de montagem de um sistema de arquivos, especialmente para tornar gravável um sistema de arquivos somente leitura. Não altera o dispositivo ou o ponto de montagem.

A funcionalidade remontar segue a maneira padrão de como o comando mount funciona com as opções do fstab. Isso significa que o comando mount não lê fstab (ou mtab) apenas quando um dispositivo e um diretório são totalmente especificados.

Então, de acordo com a página MAN a diferença entre eles está na leitura do arquivo fstab, depois de modificar e se você quiser montá-los todos você deve usar mount -a caso contrário, se você quiser apenas montar um diretório, você deve usar a outra opção.