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Isso é normal, a versão 4.5 da estrutura .NET é criada no .NET 4.0 CLR (Common Language Runtime) existente e, portanto, não precisa de uma opção separada nas configurações do pool de aplicativos IIS.
Dependendo do tipo de aplicativo que você está hospedando no IIS, você só precisa ter certeza de que ele foi criado com a versão correta do .NET e seu web.config está configurado corretamente.