Lua pode suportar URLs de dados?

Embora certamente seja possível usar loadstring para executar código Lua de uma fonte externa, isso não é uma boa prática. Geralmente não é seguro executar código arbitrário da Internet. Se o servidor que fornece esses arquivos for invadido, todos os clientes serão comprometidos. O segundo problema é que qualquer codificação de código do servidor pode falhar se o cliente estiver executando uma versão mais antiga, portanto, será um pesadelo atualizar e manter as coisas sincronizadas. Uma abordagem melhor é enviar dados puros do servidor. Você não quer que seu servidor saiba nada sobre o lado do cliente. Se você absolutamente precisar usar loadstring, pelo menos certifique-se de que esteja em uma área restrita usando setfenv:

function saferload(sz, env)
  local f = pcall(loadstring, sz)
  if not f then
    return
  end
  env = env or {}
  setfenv(f, env)
  return pcall(f) or env
end

Você não precisa codificar nada em base64. Apenas certifique-se de que os cabeçalhos do servidor estejam corretos. Em PHP ficaria assim:

header("Content-Type: text/plain");

Em relação à sua pergunta sobre DataURLs, observe que você também pode buscar dados binários do servidor (nesse caso, você não precisa de loadstring). Depois de buscar seu arquivo no servidor, você pode salvá-lo no diretório AppData e atualizá-lo quando necessário.