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miguelmorin
Asked: 2019-05-30 08:57:12 +0800 CST

Ativando o ambiente conda por SSH

  • 772

Eu tenho uma máquina virtual no Azure onde, após o ssh'ing, posso executar o Conda e o python:

conda activate py36
python some_script.py

Para executar esses comandos da minha máquina através do SSH, preciso fornecer o caminho completo para o Conda:

ssh ${USER}@${IP} "/data/anaconda/envs/py35/bin/conda activate py36; python some_script.py"

mas recebo este erro:

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

No entanto, o shell em execução é bash:

$ sshb ${USER}@${IP} echo $SHELL
/bin/bash

Como posso ativar um ambiente conda remotamente por meio do SSH?

ssh shell

4 respostas

  1. Best Answer

    Edit : No processo de trabalhar isso, descobri que conda initcria uma função chamada "conda" que mascara os executáveis ​​do conda. Veja type conda. O que permite definir variáveis ​​de ambiente no shell atual. Isso é importante porque contribui para o problema.

    Quando você executa um comando via ssh, ele não executa ~/.bashrc, que é o que configura essa condafunção bash.

    Portanto, a resposta final que tenho para você é

    ssh ${USER}@${IP} ". ~/.bashrc ; conda activate py36; python some_script.py"

    . ~/.bashrcsimplesmente origina o ~/.bashrc que fornece a função conda se você já executou conda initantes.

    Resposta antiga

    Eu sugiro que você faça um script de shell com a ativação e o código python

    # job.sh
conda activate py36
python some_script.py

    Tornar executável comchmod +x job.sh

    Em seguida, execute remotamente com o seguinte comando:

    ssh ${USER}@${IP} bash -l "<relative path to script on remote machine>"

    bash -lo torna um shell de login que também permite que você use seu .bash_profileou , o .bashrcque significa que você não precisará fornecer o caminho completo.

    Se você precisar absolutamente de um único comando, use um heredoc .

    ssh ${USER}@${IP} bash -l <<HERE
conda activate py36
python some_script.py
HERE

    Eu tentei outras maneiras também, mas parece que há algum problema com a maneira como o bash preserva as mudanças ambientais na separação de comandos. Conda activate define várias variáveis ​​de ambiente (prefixadas com CONDA e a variável PATH).

    • 6

  2. Em vez de especificar o caminho para "conda", funciona para mim especificar o caminho para "ativar" assim:

    ssh [host] "source ~/anaconda3/bin/activate [name of conda env] ; cd [pick a dir] ; [command]"

    Para [comando], tente "conda env list" para ver qual ambiente está ativado. Ou você pode fazer "python foo.py".

    Você pode ter que ajustar o caminho "~/anaconda3/bin/activate".

    • 3

  3. Reunidos a partir deste problema , consegui resolver o problema adicionando estas linhas ao meu .bashrc:

    export -f conda 
export -f __conda_activate 
export -f __conda_reactivate 
export -f __conda_hashr 
export -f __add_sys_prefix_to_path 
eval "$(conda shell.bash hook)"

    Não tenho certeza se os exports ainda são necessários com a evalsolução, mas eles não quebraram nada, então apenas os guardei.

    EDIT: também importante ter em mente, qualquer script usando condade alguma forma precisa ser executado bashe não sh .

    • 1

  4. Apenas uma adição à resposta de @Maeve Kennedy. Em vez de usar aspas duplas, é melhor usar aspas simples como abaixo

    ssh ${USER}@${IP} '. ~/.bashrc ; conda activate py36; python some_script.py'

    Ele permite que você execute qualquer comando bash após ativar o ambiente conda remotamente. Algo como abaixo;

    ssh ${USER}@${IP} '. ~/.bashrc ; conda activate py36; echo $CONDA_PATH'

    com aspas duplas não funciona.

    • 0

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