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Phoebe
Asked: 2024-09-18 02:11:43 +0800 CST

Como encontrar as instâncias conectadas de um modelo de árvores de abrangência mínima em R

  • 772

Estou construindo um modelo Minimum Spanning Trees, e ele teve sucesso. Gerei um gráfico e queria identificar quais pontos de dados alternativos estão conectados para cada ponto de dados. Existe uma maneira de fazer isso?

O código de modelagem é o seguinte.

data(iris)
mst.mod <- ape::mst(dist(iris))
plot(mst.mod)

A árvore é visualizada. Parece um pouco confusa, mas eu quero identificar, por exemplo, quais instâncias estão conectadas com a instância 1 e assim por diante. Visualmente, pode ser visto que a instância tem uma aresta com as instâncias 28 e 40. Mas existe um código R para encontrá-las todas para cada ponto de dados? insira a descrição da imagem aqui

1 respostas

  1. Best Answer

    Sim, existe.

    Podemos usar base. Converta mst.modpara matrix, aplique which()para encontrar índices onde 1ocorre e, por exemplo, converta para uma lista.

    mst.mod = ape::mst(dist(iris))
unstack(as.data.frame(which(as.matrix(mst.mod)==1L, arr.ind=TRUE)))

    dando

    > |> head()
$`1`
[1]  5 18 28 40

$`2`
[1] 13 35 46

$`3`
[1] 48

$`4`
[1] 30 48

$`5`
[1]  1 38

$`6`
[1] 11 19

    Para 1, além de 18e 40há 5e 28. Dependendo da saída desejada, which(as.matrix(mst.mod )==1L, arr.ind=TRUE)pode ser o suficiente. Não verifiquei a documentação/arquivos de ajuda se há uma maneira mais direta de usar {ape}.

    • 1

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