Phoebe's questions

Tenho um vetor no qual apenas alguns elementos são nomeados. Como podemos transformá-lo em uma matriz ou em um dataframe que salve esses nomes e deixe os elementos sem nome como estão? Por exemplo, myvec tem 10 elementos e apenas 6 números (os três últimos dos 5 números) têm nomes acima deles.

                             n1          n2         n3                                        
1.29258297  0.68706142  0.70861652 -1.13494695 -0.26373635  0.29306389  0.65264213
     n1          n2          n3
-0.07332781 -0.23717912  0.38339900

Se eu transformar myvec em uma matriz ou dataframe com 2 linhas e 5 colunas, quero que as últimas 3 colunas sejam nomeadas com n1, n2 e n3. Como podemos fazer isso em R?

Eu tenho uma lista de listas chamada mylist. No exemplo a seguir, mylist tem duas listas, cada uma contendo outras duas listas de números aleatórios.

mylist <- list()
list1 <- rnorm(100)
list2 <- rnorm(100)
list3 <- rnorm(100)
list4 <- rnorm(100)

mylist[[1]] <- list("list1" = list1, "list2" = list2)
mylist[[2]] <- list("list1" = list3, "list2" = list4)  

Ao imprimir o mylist, ele deve nos dar algo como

[[1]]
[[1]]$list1
  [1]  0.0382233645  0.2416676908  1.1910173996  0.7833025597 -0.7144370041
  [6]  1.9762077872  0.9438593806  0.1590264664 -0.5323112247  1.2820246358...
[[1]]$list2
  [1] -0.084982839 -0.462448106  0.771458598  1.354049503 -1.616381590 -0.368789648
  [7] -0.678521566 -0.340799431 -0.441370037 -0.212117105 -0.921661840  0.893550382...
[[2]]
[[2]]$list1
  [1]  0.367971534  0.028976364  1.391761655 -0.033661646  1.196138270 -1.645738949
  [7]  0.086037770  0.530143788  0.639389906  2.193683933 -1.427285285  0.430282258...
[[2]]$list2
  [1]  0.235027959  2.110340896 -0.951831561 -1.510063739 -0.007402732 -0.575736079
  [7] -0.363731268  1.232404358 -0.848716435  1.217101680 -0.014577878  0.440142686...

Quero remover a listagem de mylist para que os resultados finais (res) produzam dois elementos. O primeiro elemento combinará todos os elementos disponíveis da lista1 e o segundo agregará todos os elementos disponíveis da lista2. Os resultados finais devem ser semelhantes a

res$list1
[1]  0.0382233645  0.2416676908  1.1910173996  0.7833025597 -0.7144370041
[6]  1.9762077872  0.9438593806  0.1590264664 -0.5323112247  1.2820246358...
[101]  0.367971534  0.028976364  1.391761655 -0.033661646  1.196138270 -1.645738949
[107]  0.086037770  0.530143788  0.639389906  2.193683933 -1.427285285  0.430282258...

res$list2
[1]  0.367971534  0.028976364  1.391761655 -0.033661646  1.196138270 -1.645738949
[7]  0.086037770  0.530143788  0.639389906  2.193683933 -1.427285285  0.430282258...
[101]  0.235027959  2.110340896 -0.951831561 -1.510063739 -0.007402732 -0.575736079
[107] -0.363731268  1.232404358 -0.848716435  1.217101680 -0.014577878  0.440142686...

Qual é a maneira correta de fazer isso em R? Obrigado!

Estou fazendo um boxplot, mas preciso reordenar os níveis para um fator nos dados. Esse fator será usado no ggplot para refletir os níveis por meio de três cores diferentes. Mas quando os níveis do fator são reordenados, as cores são alteradas ao mesmo tempo, o que não é algo que eu desejo. O código reproduzível é o seguinte,

x1 <- runif(100)
x2 <- c(rep("c", 30), rep("a", 40), rep("b", 30))
x3 <- rep(seq(0,9), 10)
mydata <- as.data.frame(cbind(x1, x2, x3))

mydata$x4 <- factor(mydata$x2, levels = c("a", "b", "c"), ordered = TRUE)

mydata$x1 <- as.numeric(mydata$x1)
mydata$x2 <- as.factor(mydata$x2)
mydata$x3 <- as.factor(mydata$x3)

ggplot(mydata, aes(x = x3, y = x1, fill = x2)) +
 geom_boxplot() + 
 labs(x = "x3", y = "x1") +
 theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 12),
       legend.position = "top") 

Isso me dá os boxplots nessas três cores

Mas se eu mudar x2 para x4 (fator de reordenação), as cores se tornam diferentes!

ggplot(mydata, aes(x = x3, y = x1, fill = x4)) +
 geom_boxplot() + 
 labs(x = "x3", y = "x1") +
 theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 12),
       legend.position = "top") 

Eu ainda quero manter as cores no primeiro gráfico para o fator reordenado, a mesma cor e mesma ordem de cores (primeiro: vermelho, segundo: verde, terceiro: azul). Existe uma maneira de manter as mesmas cores para um fator reordenado?

Estou construindo um modelo Minimum Spanning Trees, e ele teve sucesso. Gerei um gráfico e queria identificar quais pontos de dados alternativos estão conectados para cada ponto de dados. Existe uma maneira de fazer isso?

O código de modelagem é o seguinte.

data(iris)
mst.mod <- ape::mst(dist(iris))
plot(mst.mod)

A árvore é visualizada. Parece um pouco confusa, mas eu quero identificar, por exemplo, quais instâncias estão conectadas com a instância 1 e assim por diante. Visualmente, pode ser visto que a instância tem uma aresta com as instâncias 28 e 40. Mas existe um código R para encontrá-las todas para cada ponto de dados?

Tenho uma figura que contém 4 subfiguras e quero adicionar apenas um rótulo de figura no canto superior esquerdo, digamos (A). Como posso adicionar essa linha no meu código abaixo?

data("iris")

iris1 <- iris2 <- iris3 <- iris

fig <- list()

fig[[1]] <- ggplot(data=iris,mapping=aes(x=Petal.Length,y=Petal.Width,color=Species))+
  geom_point()+
  geom_smooth(method="lm") +
  labs(title = paste0("the title is ", expression(m[0])))

fig[[2]] <- ggplot(data=iris1,mapping=aes(x=Petal.Length,y=Petal.Width,color=Species))+
  geom_point()+
  geom_smooth(method="lm") +
  labs(title = paste0("the title is ", expression(m[1])))

fig[[3]] <- ggplot(data=iris2,mapping=aes(x=Petal.Length,y=Petal.Width,color=Species))+
  geom_point()+
  geom_smooth(method="lm") +
  labs(title = paste0("the title is ", expression(m[2])))

fig[[4]] <- ggplot(data=iris3,mapping=aes(x=Petal.Length,y=Petal.Width,color=Species))+
  geom_point()+
  geom_smooth(method="lm") +
  labs(title = paste0("the title is ", expression(m[3])))

 fig_all <- ggpubr::ggarrange(plotlist = fig, ncol = 2, nrow = 2, common.legend = TRUE, legend = "top")

 fig_all

A figura gerada é a seguinte, mas não há rótulo de figura. Não quero ter rótulo para cada subfigura, mas apenas um rótulo para indicar para todos, no canto superior esquerdo.