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主页 / user-7395592

simon's questions

Martin Hope
simon
Asked: 2024-08-07 16:29:45 +0800 CST

从 DICOM 文件导出的 MPEG-4 视频中的 16 字节偏移量

  • 7

简短版本Pydicom:通过以下代码从 DICOM 文件导出 MPEG-4 视频流时,16 字节偏移量来自哪里?(另外,附加问题是,它始终是 16 字节偏移量吗?)

from pathlib import Path
import pydicom

in_dcm_filename: str = ...
out_mp4_filename: str = ...

ds = pydicom.dcmread(in_dcm_filename)
Path(out_mp4_filename).write_bytes(ds.PixelData[16:])  # 16-byte offset necessary

为了可重复性,可以使用我在Google 群组的旧讨论中找到的这个 DICOM 文件(内容警告:该视频展示了神经外科干预中的开放大脑)。

长版本

我有许多包含手术 MPEG-4 视频流的 DICOM 文件(传输语法 UID 1.2.840.10008.1.2.4.102 – MPEG-4 AVC/H.264 High Profile / Level 4.1)。我想从 DICOM 文件中导出视频流,以便在下游任务中更轻松地处理。

经过一番谷歌搜索后,我发现了以下讨论,建议使用dcmdumpfrom DCMTK,如下所示(我能够重现):

  • 跑步dcmdump +P 7fe0,0010 <in_dcm_filename> +W <out_folder>。
  • 从得到的两个文件中<out_folder>,mpeg4.dcm.0.raw和mpeg4.dcm.1.raw,丢弃第一个文件(大小为 0 字节),保留第二个文件(可能将其后缀更改为.mp4),它是一个常规的可播放视频文件。

从命令中看到的内容dcmdump,我得出结论,这只是标签7fe0,0010(即像素数据属性)的原始转储,因此我认为我可以使用 重现此情况Pydicom。我第一次尝试使用Path(out_mp4_filename).write_bytes(ds.PixelData)(有关完整详细信息,请参阅上面的代码示例);但是,我最终得到的是一个无法播放的文件。然后,我比较了结果的十六进制转储dcmdump和结果Pydicom:

$ hd ./dcmdump.mp4 | head
00000000  00 00 00 20 66 74 79 70  69 73 6f 6d 00 00 02 00  |... ftypisom....|
00000010  69 73 6f 6d 69 73 6f 32  61 76 63 31 6d 70 34 31  |isomiso2avc1mp41|
00000020  00 00 00 08 66 72 65 65  00 ce 97 1d 6d 64 61 74  |....free....mdat|
...
$ hd ./pydicom.mp4 | head
00000000  fe ff 00 e0 00 00 00 00  fe ff 00 e0 3e bc ce 00  |............>...|
00000010  00 00 00 20 66 74 79 70  69 73 6f 6d 00 00 02 00  |... ftypisom....|
00000020  69 73 6f 6d 69 73 6f 32  61 76 63 31 6d 70 34 31  |isomiso2avc1mp41|
...

从这里我注意到我的Pydicom导出包含 16 个额外的前导字节。一旦我通过 删除它们Path(out_mp4_filename).write_bytes(ds.PixelData[16:]),我就可以得到与 完全相同的可播放视频导出dcmdump。

因此,我的问题是:这 16 个额外的字节来自哪里,它们的含义是什么,我是否可以安全地删除它们?

python
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