我对 channel.fromFilePairs() 有疑问。我有以下 nextflow 脚本:
params.reads = "/path/to/my_reads/sample03_L001_R{1,2}_001.fastq.gz"
my_reads_ch = channel.fromFilePairs(params.reads)
println "reads: $my_reads_ch"
该脚本打印 [sample03_L001_R, [/path/to/my_reads/sample03_L001_R1_001.fastq.gz, /path/to/my_reads/sample03_L001_R2_001.fastq.gz]].
所需输出是 [sample03, [/path/to/my_reads/sample03_L001_R1_001.fastq.gz, /path/to/my_reads/sample03_L001_R2_001.fastq.gz]].
我如何删除“_L001_R”?
我试过了
channel.fromFilePairs(params.reads).map{it[0] - /_\w+/, it[1]}
这给了我一个错误:模式类型上未知的方法调用“负面”。
有什么建议吗?非常感谢