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JVGen's questions

Martin Hope
JVGen
Asked: 2023-09-20 06:11:41 +0800 CST
  • 6

我正在尝试收集两组列。每个集合都需要以一个新列结束，但行数据是链接的，因此顺序使用tidyr::gather()不能保证保留跨列组织。看起来tidyr::pivot_longer()可以做到这一点，但我很难过。类似的帖子在这里，但答案涉及使用 grep 重命名列，我无法解释这一点，而且这里也没有必要。

library(tidyverse)

df <- data.frame(
  Position=1:5,
  A_Width=3:7,
  B_Width=4:8,
  A_Error=seq(0, 2.0, 0.5),
  B_Error=seq(0.3, 1.5, 0.3)
  )


df <- df %>%
  tidyr::pivot_longer(
    cols=c(A_Width, B_Width, A_Error, B_Error),
    names_to= ? ,
    names_pattern= ? ,
    )

##Desired Data Frame
df_long <- data.frame(
  Position=rep(1:5,2),
  Group=c(rep("A",5), rep("B",5)),
  Width=c(3:7,4:8),
  Error=c(seq(0, 2.0, 0.5), seq(0.3, 1.5, 0.3))
  )
Martin Hope
JVGen
Asked: 2023-09-15 04:03:08 +0800 CST
  • 5

我有一个包含两列数值的数据框。我想调整值的范围，同时保持数值之间的相对距离。这个例子更好地解释了这一点。

是否有一个标准函数可以完成此任务？

df <- data.frame(
  Name = c("A", "B", "C", "D", "E"),
  Start = c(175000, 183597, 185317, 188307, 191390),
  Stop = c(182548, 184724, 187841, 188599, 192650)
)

Range_Start <- df$Start[df$Name=="C"] - 10000
Range_Stop <- df$Stop[df$Name=="C"] + 10000

Range_Start2 <- 1
Range_Stop2 <- length(Range_Start:Range_Stop)

df2 <- df %>%
  rowwise() %>%
  dplyr::mutate(Start2 = Start - Range_Start) %>%
  dplyr::mutate(Stop2 = Stop - Range_Start)

期望值：

> df2$Start2
[1]  -317  8280 10000 12990 16073

> df2$Stop2
[1]  7231  9407 12524 13282 17333
Martin Hope
JVGen
Asked: 2023-08-26 04:27:42 +0800 CST
  • 5

我有一个 for 循环，它接受具有一种类型扩展名的文件，但管道中的最终命令要求 STDIN 文件具有另一种类型的扩展名。在我的管道中，我用来awk更改文件类型，以便其格式适合最终命令，但扩展名仍然链接到初始输入文件。

例如：

for file in *.AAA
do
commandA $file | awk ' { print } ' | commandB

命令B的典型用法：

commandB -i myfile.BBB

有没有办法让我在 for 循环和管道中间更改文件的扩展名？

shell
Martin Hope
JVGen
Asked: 2023-08-25 22:44:36 +0800 CST
  • 7

我有许多大型 TSV 文件，其中有 6 个未命名列和大约 1000 万行。我需要逐行应用更改并保存为新的 TSV。我正在Linux上工作，可以使用 awk、gawk、grep。理想情况下，代码将在其运算符中引用列号，这样无论行内容如何，​​它都能正常运行。蒂亚！

唯一需要更改的是第 2 列和第 3 列，但更改取决于第 6 列中的值：

If the value of column 6 is "+", then:  
New Column 2: [Column 2 Value]  
New Column 3: [Column 2 Value] + 1  
  
If the value of column 6 is "-", then:  
New Column 2: [Column 3 Value] - 1  
New Column 3: [Column 3 Value]

TSV 数据结构示例（实际数据中不存在 | 存在）

| AI     | 828     | 878     | ABC4807:78485:5:79215       | 42 | - |
| AI     | 971     | 1021    | ABC248:78485:5:79215:46065  | 42 | + |
| AI     | 1104    | 1153    | X7481:78485:5:79215:40174   | 35 | - |
| XVDIII | 56939   | 56988   | 9478:78485:5:79215:30872    | 42 | - |
| XVDIII | 56971   | 57020   | 7841S:78485:5:79215:34301   | 42 | - |
| UTXV   | 1043196 | 1043246 | T885189:78485:5:79215:10036 | 42 | + |
| UTXV   | 1043198 | 1043248 | C74581:78485:5:79215:10792  | 42 | - |
| UTXV   | 1043201 | 1043250 | T75S17:78485:5:79215:30204  | 42 | - |
| UTXV   | 1043201 | 1043251 | B784W7:78485:5:79215:42548  | 42 | - |

所需的 TSV 输出

| AI     | 877     | 878     | ABC4807:78485:5:79215       | 42 | - |
| AI     | 971     | 972     | ABC248:78485:5:79215:46065  | 42 | + |
| AI     | 1152    | 1153    | X7481:78485:5:79215:40174   | 35 | - |
| XVDIII | 56987   | 56988   | 9478:78485:5:79215:30872    | 42 | - |
| XVDIII | 57019   | 57020   | 7841S:78485:5:79215:34301   | 42 | - |
| UTXV   | 1043196 | 1043197 | T885189:78485:5:79215:10036 | 42 | + |
| UTXV   | 1043247 | 1043248 | C74581:78485:5:79215:10792  | 42 | - |
| UTXV   | 1043249 | 1043250 | T75S17:78485:5:79215:30204  | 42 | - |
| UTXV   | 1043250 | 1043251 | B784W7:78485:5:79215:42548  | 42 | - |
linux