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主页 / user-11679394

TiredSquirrel's questions

Martin Hope
TiredSquirrel
Asked: 2024-12-01 07:57:27 +0800 CST

检查 psych fa() 函数返回的结果是否收敛?

  • 6

我正在编写一个函数,它将使用fa()“psych”包中的函数。当fa()无法收敛时,我希望我的函数丢弃结果并返回一个空图,只显示“收敛失败”。

我发现 fa() 有一个warnings=选项,当它无法收敛时会打印一条消息,但我还没有找到一种方法来以编程方式检查返回的fa()收敛结果。

在我的函数中,我通过传递fa(...)用户在调用我的函数时设置的任何选项来进行调用。因此,用户可能会使用不同的因子提取方法、不同的 max.iter 值等。

当使用主轴因子提取方法(例如fm='pa')时,返回的对象fa()包含一个由称为的迭代产生的值向量communality.iterations,因此我可以这样做:

results <- fa(...)

# Check for Principal Axis factor extraction failing to converge
fa_args <- list(...) # Capture whatever the user gave my function to pass to fa()
if('fm' %in% names(fa_args) && fa_args$fm=='pa') {
    max_iter <- ifelse('max.iter' %in% names(fa_args),fa_args$max.iter,50) # 50 is the default if not set
    if(length(results$communality.iterations)==max_iter) { # Handle convergence failure
       warning('Factor Analysis convergence failed for plot ',plot_title,'.',immediate.=T)
       return(ggplot() + theme_void() + labs(title=plot_title,subtitle='Convergence failed'))
    }
}

但这仅涵盖用户可能选择的一种因子提取方法,并且是以一种相当复杂的方式进行的。

有没有更好的方法来检查fa()结果是否未能收敛?

注意:抱歉,我无法提供可重现的示例。我可以从文档中看出,其他因子提取方法(如最大似然法)可能无法收敛,但我还没有找到实现它的方法。以下是一次未能产生有关收敛失败警告的尝试:

library('psych')

bad_corr <- matrix(0,nrow=50,ncol=50)
diag(bad_corr) <- 1
x <- fa(r=bad_corr,nfactors=8,fm='ml',warnings=T)
  • 1 个回答
  • 28 Views
Martin Hope
TiredSquirrel
Asked: 2024-11-28 18:19:44 +0800 CST

对于具有命名行/列的矩阵,reshape2::melt() 的替代方案是什么?[重复]

  • 7
此问题这里已有答案:
将具有 dimnames 的矩阵转换为长格式的数据框 (5 个答案)
15 小时前关闭。

melt()该包中的函数具有reshape2一个方便的行为,它将具有命名行/列的矩阵转换为三列数据框,其中矩阵行/列名称成为前两列:

testmat <- matrix(1:25,nrow=5,dimnames=list(LETTERS[6:10],LETTERS[1:5]))
#   A  B  C  D  E
# F 1  6 11 16 21
# G 2  7 12 17 22
# H 3  8 13 18 23
# I 4  9 14 19 24
# J 5 10 15 20 25

longmat <- reshape2::melt(testmat)
head(longmat)
# Var1 Var2 value
#    F    A     1
#    G    A     2
#    H    A     3
#    I    A     4
#    J    A     5
#    F    B     6

但是它有将 Var1 和 Var2 作为因子的烦人行为,并且不支持stringsAsFactors=F选项。reshape2的README中说“reshape2 已退役:只会进行必要的更改以使其保留在 CRAN 上。我们建议改用 tidyr。”,因此这种行为似乎不太可能在 中改变melt()。

我尝试过其他方法,但尚未找到有效的方法:

  • tidyr::pivot_longer()不会将矩阵作为输入。即使我使用 强制将矩阵变为数据框tidyr::pivot_longer(as.data.frame(testmat),cols=all_of(colnames(testmat))),矩阵行名称也会被丢弃,而不是在结果的列中捕获。
  • data.table::melt()只是重定向到reshape2::melt()。

主要问题:是否有其他函数(tidyverse 或非 tidyverse)可以以类似的方式将矩阵转换为长格式reshape2::melt()?

第二个问题:我一直在尝试编写自己的函数。是否存在我没​​有想到的隐藏“陷阱”,可能会导致下面的函数产生意外/不正确的行为?

melt_by_hand <- function(mat) {
  return(data.frame(row=rep(rownames(mat),ncol(mat)),
                      col=rep(colnames(mat),each=nrow(mat)),
                      value=as.vector(mat)))
}
  • 2 个回答
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