我有一个参考和查询序列：
ref_seq <- "ATTT"
df <- data.frame(V1=c("AATT", "TTTT", "GGTT"))
我想返回与参考相比每个查询序列中不匹配的位置：
seqdiff <- function(seq1, seq2) {
seq <- strsplit(c(seq1, seq2), split= '')
mismatches <- which(seq[[1]] != seq[[2]])
return(mismatches)
}
apply(X=df, MARGIN=2, function(x) seqdiff(x, ref_seq))
# V1
# [1,] 1
# [2,] 2
预期输出：
# V1
# [1,] 2
# [2,] 1
# [3,] 1 2
我想根据一个函数按行填充矩阵，该函数给出数字 seq(1) 1 seq(2) 1 2 等等的 seq()
matrixinp = matrix(data=NA, nrow=6, ncol=6)
> print(matrixinp)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] NA NA NA NA NA NA
[2,] NA NA NA NA NA NA
[3,] NA NA NA NA NA NA
[4,] NA NA NA NA NA NA
[5,] NA NA NA NA NA NA
[6,] NA NA NA NA NA NA
# display matrix
print(matrixinp)
# fill the elements with some
# 90 in a matrix
for (i in 1:6){
aaa<-seq(i)
print(aaa)
for(j in 1:6){
matrixinp[j,] = aaa
}
}
这给了我这个：
> print(matrixinp)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] 1 2 3 1 2 3
[2,] 1 2 3 1 2 3
[3,] 1 2 3 1 2 3
[4,] 1 2 3 1 2 3
[5,] 1 2 3 1 2 3
[6,] 1 2 3 1 2 3
但我想要这个：
> print(matrixinp)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] 1 NA NA NA NA NA
[2,] 1 2 NA NA NA NA
[3,] 1 2 3 NA NA NA
[4,] 1 2 3 4 NA NA
[5,] 1 2 3 4 5 NA
[6,] 1 2 3 4 5 6
我有很多文件 .txt，如下所示：
文件1.txt
header
1_fff_aaa 1_rrr_aaa 1_ggg_aaa ...
文件2.txt
header
1_ttt_aaa 1_iii_aaa 1_lll_aaa ...
我想删除标题并将第二行的字符串拆分为空格后的多行，并在 _ 字符之间采用模式：
输出：
file1_v1.txt
fff
rrr
ggg
file2_v1.txt
ttt
iii
lll
我想使用像 sed 这样的 unix 命令
我有一个像这样的数据框 df
Pass
P01
P02
P01
P01
P02
P03
P03
P01
unique(df$Pass)
"P01" "P02" "P03"
对于 df$col 的每个唯一值，我将生成颜色渐变
cc <- scales::seq_gradient_pal("blue", "red", "Lab")(seq(0,1,length.out=length(unique(df$Pass))))
这将生成一个颜色向量
cc
“#0000FF”“#6D00E4”“#9300C9”
我想将每种颜色分配给相应的值并创建一个新列：
输出：
Pass col
P01 "#0000FF"
P02 "#6D00E4"
P01 "#0000FF"
P01 "#0000FF"
P02 "#6D00E4"
P03 "#9300C9"
P03 "#9300C9"
P01 "#0000FF"