主页 / coding / 问题 / 78794110
Accepted
Samuel Morrison
Asked: 2024-07-25 23:05:18 +0800 CST

Nextflow：channel.fromFilePairs() 地图后期处理

  • 772

我对 channel.fromFilePairs() 有疑问。我有以下 nextflow 脚本：

params.reads = "/path/to/my_reads/sample03_L001_R{1,2}_001.fastq.gz"

my_reads_ch = channel.fromFilePairs(params.reads)

println "reads: $my_reads_ch"

该脚本打印 [sample03_L001_R, [/path/to/my_reads/sample03_L001_R1_001.fastq.gz, /path/to/my_reads/sample03_L001_R2_001.fastq.gz]].

所需输出是 [sample03, [/path/to/my_reads/sample03_L001_R1_001.fastq.gz, /path/to/my_reads/sample03_L001_R2_001.fastq.gz]].

我如何删除“_L001_R”？

我试过了

channel.fromFilePairs(params.reads).map{it[0] - /_\w+/, it[1]}

这给了我一个错误：模式类型上未知的方法调用“负面”。

有什么建议吗？非常感谢

groovy

1 个回答

  1. Best Answer

    您只需要使用波浪号运算符首先创建一个模式对象：

    Channel
    .fromFilePairs( params.reads )
    .map { sample, reads -> tuple( sample - ~/_\w+$/, reads ) }
    .view()

    不过，更好的方法是更好地定义初始 glob 模式，并让fromFilePairs运算符为您去除后缀。例如：

    params.reads = "/path/to/my_reads/*_L001_R{1,2}_001.fastq.gz"

Channel
    .fromFilePairs( params.reads )
    .view()

    结果：

    $ nextflow run main.nf 

 N E X T F L O W   ~  version 24.04.3

Launching `main.nf` [golden_wescoff] DSL2 - revision: f7979e483d

[sample01, [/path/to/my_reads/sample01_L001_R1_001.fastq.gz, /path/to/my_reads/sample01_L001_R2_001.fastq.gz]]
[sample03, [/path/to/my_reads/sample03_L001_R1_001.fastq.gz, /path/to/my_reads/sample03_L001_R2_001.fastq.gz]]
[sample02, [/path/to/my_reads/sample02_L001_R1_001.fastq.gz, /path/to/my_reads/sample02_L001_R2_001.fastq.gz]]
    • 0

相关问题