主页 / coding / 问题 / 78548014
Accepted
zhang
Asked: 2024-05-29 15:40:04 +0800 CST

重写 R 中特定类的子集方法会干扰其他对象

  • 772

subset我正在使用 R 并为 class 的对象创建了一种新方法new_object。这是我的功能：

setGeneric('subset', function(x, i) standardGeneric('subset'))
setMethod('subset', 'new_object', function(x, i) { 
    # ... my code ...
    # subset new_object

})

这非常适合new_object. 但是，它似乎会干扰其他对象（例如seurat对象）的子集操作。当我在加载新的子集方法后尝试对 seurat 对象进行子集化时，出现错误。

The inheritance method for the 'subset' function with the 'Seurat' tag could not be found.

我希望子集方法像往常一样适用于所有其他类型的对象，除了new_object，我想使用我的新子集方法。

如何为特定类定义新的子集方法而不影响 R 中的其他对象？

1 个回答

  1. Best Answer

    在一个干净的、新打开的 R 中，运行subset 不带大括号的命令来查看该对象是什么

    > subset
function (x, ...) 
UseMethod("subset")
<bytecode: 0x0000019b6e422730>
<environment: namespace:base>

    所以这是一个带参数的 S3 通用函数x，...位于 package 中base。因此，当您调用时setGeneric('subset', function(x, i) standardGeneric('subset'))，您将创建一个带有参数的新x泛型函数，该函数与包中定义的现有参数i不同。 解决方案是调用使现有函数（在包中）成为S4通用函数。x...subsetbase
    setGeneric("subset")subsetbase

    > setGeneric("subset")
> setClass("new_object")
> setMethod("subset", "new_object", function(x, i) { 
    # ... your code here ...
    # subset new_object
    # below is an example
    print(x)
})

> subset
standardGeneric for "subset" defined from package "base"

function (x, ...) 
standardGeneric("subset")
<environment: 0x000001f4839ab3b8>
Methods may be defined for arguments: x
Use  showMethods(subset)  for currently available ones.

> showMethods("subset", includeDefs = TRUE)
Function: subset (package base)
x="ANY"
function (x, ...) 
UseMethod("subset")


x="new_object"
function (x, ...) 
{
    .local <- function (x, i) 
    {
        print(x)
    }
    .local(x, ...)
}

    正如您从 中看到的，当您使用of classshowMethods("subset", includeDefs = TRUE)调用此 S4 时，它将分派到您的自定义方法。调用任何其他类，它将利用现有的 S3 调度机制（即）。subsetxnew_objectUseMethod

    • 3

相关问题