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Chris_bio
Asked: 2016-01-30 02:50:28 +0800 CST

为目录中的每个 .fastq 文件生成一个单独的 .md5 文件？

  • 772

我正在尝试为目录中的每个 .fastq 文件生成单独的 .md5 文件。我找到了为许多文件生成单个 .md5 文件的解决方案，但这不是我想要的。

我有file1.fastq, file2.fastq,file3.fastq并且想要生成file1.md5, file2.md5, file3.md5.

我认为 FOR 循环可以解决问题，但我不是程序员，似乎无法找到解决此问题的方法。

我还尝试了以下代码：

find . -type f -name "*.fastq.gz" -exec sh -c "md5sum < {} > {}.md5" \;

它为每个 .fastq 文件正确生成一个 .md5 文件，但 .md5 文件内容不正确，即我得到64399513b7d734ca90181b27a62134dc -

代替64399513b7d734ca90181b27a62134dc testfile.fastq

任何人都可以帮忙吗？

md5sum

2 个回答

  1. Best Answer

    最简单的情况是：

    for file in *fastq; do md5sum "$file" > "$file".md5; done

    但是，这将创建像file1.fastq.md5. 扩展在这里基本上是无关紧要的，所以这不是问题，但如果你更喜欢file1.md5这样做：

    for file in *fastq; do md5sum "$file" > "${file//.fastq}".md5; done
    • 6

  2. 此外，您的md5sum命令不会打印文件名，因为由于<重定向，每个文件都是从 shell 读取的，并且md5sum不可能知道原始文件名，因为它直接提供了文件的内容。

    因此，如果您想递归处理当前工作目录中的所有文件，您可以使用以下命令：

    find . -type f -name "*.fastq.gz" -exec sh -c "md5sum {} > {}.md5" \;
    • 3

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