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Tripartio
Asked: 2024-12-10 16:45:42 +0800 CST

仅在 ubuntu-latest (devel) 上，R-CMD-CHECK 中的“为未来表达式导出的 x 个全局变量的总大小”

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抱歉，但我不确定这里是否是报告问题的正确地方，因为它涉及三个系统的融合，其中只有一个是 Ubuntu。我首先尝试了其他两个组件（GitHub Actions和R 包future）的帮助论坛，但无法继续前进，所以我才来到这里。如果有更合适的论坛，请重定向我。

我在ale/.github/workflows/R-CMD-check.yaml at main · tripartio/ale 上为我的软件包创建了一个 R-CMD-CHECK Github Actions 工作流。该操作针对 MacOS、Windows 和三个版本的 Ubuntu 验证了我的软件包。目前除了 之外ubuntu-latest (devel)，其他一切都通过了， 因与并行处理框架相关的问题而失败future。值得注意的是，和服务器毫无问题地通过了测试（MacOS 和 Windows 也是如此）；问题只出在 上。ubuntu-latest (release)ubuntu-latest (oldrel-1)ubuntu-latest (devel)

以下是最近一次失败运行的相关部分：R-CMD-CHECK：

── R CMD build ─────────────────────────────────────────────────────────────────
* checking for file ‘.../DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘ale’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
* creating vignettes ... ERROR
Error: --- re-building ‘ale-intro.Rmd’ using rmarkdown
--- finished re-building ‘ale-intro.Rmd’
--- re-building ‘ale-small-datasets.Rmd’ using rmarkdown
Quitting from lines 95-104 [lm_simple] (ale-small-datasets.Rmd)
Error: Error: processing vignette 'ale-small-datasets.Rmd' failed with diagnostics:
The total size of the 56 globals exported for future expression ('function (it.x_cols); {; if (!silent && is.null(bins)) {; progress_iterator(); }; ale_results <- list_transpose(calc_ale(data, model, it.x_cols,; ...; it.rtn; })); }') is 1.85 GiB.. This exceeds the maximum allowed size of 500.00 MiB (option 'future.globals.maxSize'). The three largest globals are 'abort' (99.45 MiB of class 'function'), 'action_dots' (99.42 MiB of class 'function') and 'as_label' (99.42 MiB of class 'function')
--- failed re-building ‘ale-small-datasets.Rmd’
--- re-building ‘ale-statistics.Rmd’ using rmarkdown
--- finished re-building ‘ale-statistics.Rmd’
--- re-building ‘ale-x-datatypes.Rmd’ using rmarkdown
Quitting from lines 123-134 [cars_full] (ale-x-datatypes.Rmd)
Error: Error: processing vignette 'ale-x-datatypes.Rmd' failed with diagnostics:
The total size of the 129 globals exported for future expression ('function (btit, btit.idxs); {; if (!silent) {; progress_iterator(); }; btit.model <- NULL; ...; else {; NULL; }') is 4.01 GiB.. This exceeds the maximum allowed size of 500.00 MiB (option 'future.globals.maxSize'). The three largest globals are 'abort' (83.31 MiB of class 'function'), 'abort_context' (83.30 MiB of class 'function') and 'trace_back' (83.29 MiB of class 'function')
--- failed re-building ‘ale-x-datatypes.Rmd’
SUMMARY: processing the following files failed:
  ‘ale-small-datasets.Rmd’ ‘ale-x-datatypes.Rmd’
Error: Error: Vignette re-building failed.
Execution halted
Error: Error in proc$get_built_file() : Build process failed
Calls: <Anonymous> ... build_package -> with_envvar -> force -> <Anonymous>
Execution halted
Error: Process completed with exit code 1.
Run ## --------------------------------------------------------------------
Show testthat output
Run actions/upload-artifact@v4
Warning: No files were found with the provided path: /home/runner/work/ale/ale/check. No artifacts will be uploaded.
Run actions/upload-artifact@v4
No files were found with the provided path: /home/runner/work/ale/ale/check/**/tests*/testthat/_snaps. No artifacts will be uploaded.

我尝试了Posit 社区 GitHub Actions 线程中我提交的 bug 报告中的几个方法，但收到并尝试的几个建议并没有帮助。根据我未来软件包 GitHub 问题中 bug 报告中的提示，我可以确认问题不是软件包本身的配置错误，而是严格与GitHub 操作调用的服务器future隔离。ubuntu-latest (devel)

上面日志中指定的导出对象的数量并不罕见，但我发现非常奇怪的是列出的前三个函数的大小非常大：

  • “三个最大的全局变量是‘abort’（‘function’ 类的 99.45 MiB）、‘action_dots’（‘function’ 类的 99.42 MiB）和‘as_label’（‘function’ 类的 99.41 MiB）”
  • “三个最大的全局变量是‘abort’（‘function’ 类的 83.31 MiB）、‘abort_context’（‘function’ 类的 83.30 MiB）和‘trace_back’（‘function’ 类的 83.29 MiB）”。

据我所知，这些都是rlang函数；我不知道它们为什么会这么大。据我从上面的构建日志中得知，服务器似乎ubuntu-latest (devel)认为 {future} 并行化包没有为我的包测试中的对象分配足够的空间。其他构建（包括其他两个 Ubuntu 构建）均未报告此错误。

在我看来，出于某种原因，{future} 安装ubuntu-latest (devel)严重高估了软件包的存储需求，而这在早期版本的 Ubuntu 上不是问题。也许某个地方有内存泄漏？如果ubuntu-latest (devel)代表即将发布的 Ubuntu，那么在发布 Ubuntu 版本之前，应该先调查并解决此问题。

我知道这是一个关于特定系统的非常具体的问题，但如果有人至少能告诉我谁在维护R-CMD-CHECK GitHub Action，那将是一个很好的提示。正如我在开头提到的，我首先在他们的论坛上发帖，但未能在那里得到必要的帮助。

development

2 个回答

  1. Best Answer

    计算机漏洞的消亡之地

    我首先承认，我是在 VB6 转换为 .NET 时开始编程的，在 .NET 中，你可以使用该公司支持的任何语言，无论是喜欢还是讨厌，然后将程序通过中间编译器发送，最终得到相同的机器语言代码。当时的情况大不相同，因为微软处理错误的方法是自上而下的，有点笨拙。正是这种“处理笨拙的自上而下的混乱”让我首先进入了 Linux 生态系统。该生态系统的一部分是错误报告系统。一些例子：

    Linux 用户可能会争论他们喜欢哪个发行版或哪个最适合他们的需求，但正如上面的链接所示，每个发行版都坚信自下而上的方法来解决项目问题。当Linux 内核从 CVS 移至Github时，这种方法再次得到加强。

    这与 OP 的问题有什么关系？

    自下而上的软件管理方法现已成为主流，因为程序员和非程序员都可以通过整个 GitHub 自由浏览源代码和报告错误（现在称为问题）。虽然我不使用 R，但我打算阅读这本书，在偶然发现这个问题后，actionsOP 遇到了麻烦，他们有自己的Github 存储库，而 OP 正确地找到了它。由于这些操作的开发不再属于一个贡献者，如贡献者页面所示，因此 OP 的问题应在相应的问题页面上报告。将其发布在那里将允许 88 位当前贡献者直接评论和与 OP 交流，其中一些贡献者对操作的构建方式有非常精确的理解。这种直接沟通是必要的，因为：

    1. OP 拥有所有相关日志、构建步骤等，可以发布在问题跟踪器中，而不是将它们全部链接在一起放在单独的论坛上。
    2. 阅读该问题的贡献者可以提供正确的方向，向 OP 指出这是否是一个R Actions问题或者是 的问题Ubuntu (current)。
    3. 如果需要更多信息，评论者就会确切地知道要要求什么。
    • 3

  2. 根据 @eyoung100 关于在何处发布请求的建议，我最终使用来自r-lib/actions 的指针解决了这个问题：我注释掉了R_KEEP_PKG_SOURCE=yesGitHub Actions YAML 文件中的该行，确实解决了这个问题。ubuntu-latest (devel)最终运行正确。

    • 1

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