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主页 / ubuntu / 问题 / 1522018
Accepted
Adolph Beyerlein
Adolph Beyerlein
Asked: 2024-07-30 09:20:33 +0800 CST2024-07-30 09:20:33 +0800 CST 2024-07-30 09:20:33 +0800 CST

应用格林函数法计算量子浓缩咖啡和交换主代码交换能量的问题

  • 772

我正在尝试使用 Dm M. Korotin 等人在 Phys. Rev. B 91, 224405 (2015) 中提出的格林函数法计算结晶镍 (Ni) 化合物的交换常数。这是通过 quantum-espresso 和代号为 exchange-master 的组合实现的。但是,当我从https://github.com/dkorotin/exchanges下载 exchange-master并将其放在我的主目录中时,exchanges-master 不会编译(使用命令make),因为出现类似 的错误undefined reference to ‘omp_get_thread_num’。

具体来说,我使用的计算机是新的:

  • 这是一款 HP envy 产品,配备 i9 英特尔核心和 64 GB 内存。
  • gfortran代码是最新版本GNU Fortran(Ubuntu11.4.0-1ubuntu1-22.04 11.4.0)。
  • 还安装了最新版本的 lapack 和 blas。

在 exchange-master 目录中,唯一需要做的准备是使用 vim 编辑器在 Makefile 中指定 gfortran 和 lapack 包。完成此操作后,就可以使用 进行编译了make,它应该生成exchanges.x执行 Greens 函数计算的程序。然而,得到的却是:

(i) gfortran   -o exchanges.x exchanges.o parameters.o general.o iomodule.o find_nnbrs.o green_function.o -L/usr/local/opt/lapack/lib/ -llapack -lblas
(ii) /usr/bin/ld: exchanges.o: in function `MAIN__':
(iii) /mnt/c/Users/adolp/exchanges-master/exchanges.f90:61: undefined reference to `omp_get_max_threads_'
 `compute_g_._omp_fn.0':
(iv) /mnt/c/Users/adolp/exchanges-master/green_function.f90:23: undefined reference to `omp_get_num_threads'
(v) /usr/bin/ld: /mnt/c/Users/adolp/exchanges-master/green_function.f90:23: undefined reference to `omp_get_thread_num'
(vi) /usr/bin/ld: /mnt/c/Users/adolp/exchanges-master/green_function.f90:23: undefined reference to `GOMP_barrier'
(vii)/usr/bin/ld: green_function.o: in function `compute_g_':
(viii) /mnt/c/Users/adolp/exchanges-master/green_function.f90:21: undefined reference to `GOMP_parallel'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [Makefile:28: exchanges.x] Error 1
Note the compilation is OK with our choices made in the Makefile (see line (i) above).  The difficulty begins when it compiles the greens function calculation with 
‘/usr/bin/id: exchanges.oi in function  ‘MAIN_’

所有错误都与 OMP 和 GOMP 有关。人们可能首先认为解决方案是通过禁用并行处理和 openmp 来编译 Quantum expresso。但是,我已经以各种方式编译了 QE。'exchanges-master' 似乎在操作上与 quantum espresso 完全独立。QE 的唯一作用是为 exchange.x 提供输入数据,这是从 exchange-master 编译后获得的工作包make。

出现错误的文件位于 exchange-master 目录中,其位置(即文件行)与上面 (ii) 至 (viii) 中列出的错误一起给出。由于这些文件是执行计算所必需的,因此无法避免在代码中给出与 OMP 和 GOMP 相关的命令。似乎唯一能做的就是明确定义它们的用途。但是,没有关于如何做到这一点的说明。另一个可能的、也许更可能的解决方案是使用早期版本的 exchange-master,它可能没有引用 OMP 和 GOMP。但是早期版本未在 Github 上列出。

compiling
  • 1 1 个回答
  • 221 Views

1 个回答

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    steeldriver
    2024-07-30T09:57:51+08:002024-07-30T09:57:51+08:00

    似乎只需将其添加-fopenmp到链接器命令以及编译器命令中就足够了 - 要么将其添加到变量中LIBS(如下面建议的参数中所示#gfortan Mac Os),要么 - 我认为更正式正确 - 通过变量LFLAGS:

    # gfortran linux
     FC = gfortran 
     FFLAGS = -fopenmp -Og -O2 -g
     LIBS = -llapack -lblas
     LFLAGS = -fopenmp
    

    -L/usr/local/opt/lapack/lib/(如果您已经从 Ubuntu 存储库安装了 LAPACK/BLAS,则不需要)。来自man gfortran(重点是我的):

           -fopenmp
               Enable   the  OpenMP  extensions.   This  includes  OpenMP  "!$omp"
               directives in free form and "c$omp", *$omp and  "!$omp"  directives
               in  fixed form, "!$" conditional compilation sentinels in free form
               and "c$", "*$" and "!$" sentinels in fixed form, and  when  linking
               arranges  for  the  OpenMP  runtime  library  to be linked in.  The
               option -fopenmp implies -frecursive.

    然后

     $ make
    gfortran  -c -fopenmp -Og -O2 -g -o parameters.o parameters.f90
    gfortran  -c -fopenmp -Og -O2 -g -o general.o general.f90
    gfortran  -c -fopenmp -Og -O2 -g -o iomodule.o iomodule.f90
    gfortran  -c -fopenmp -Og -O2 -g -o find_nnbrs.o find_nnbrs.f90
    gfortran  -c -fopenmp -Og -O2 -g -o green_function.o green_function.f90
    gfortran  -c -fopenmp -Og -O2 -g -o exchanges.o exchanges.f90
    gfortran  -fopenmp -o exchanges.x exchanges.o parameters.o general.o iomodule.o find_nnbrs.o green_function.o -llapack -lblas
     $ 
     $ ./exchanges.x
    
         ------------------------------------------------------------------
                               Program EXCHANGES                           
          for calculation of exchange parameters of the Heisenberg model.  
    
         Please cite "D. M. Korotin et al., Phys. Rev. B 91, 224405 (2015)"
             in publications or presentations arising from this work.      
         ------------------------------------------------------------------
    
            We are using the model with the exchange term defined as:      
    
                            H = \sum_ij J_{ij} e_i e_j,                    
    
          where e_i,j are unit vectors and sum runs once over ions pairs   
    
         ------------------------------------------------------------------
    
    
         Running in   1 threads
    
    ^C
    
    • 4

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