主页 / ubuntu / 问题 / 1340499
Accepted
shahzad
Asked: 2021-05-25 22:12:03 +0800 CST

用父目录名重命名文件名

  • 772

我想递归地重命名我的文件，以 *.fna.gz 结尾，父目录两步，即“Aspergillus_neoniger”。您可以在此图像中看到子目录的详细信息

树命令图像

.
├── Aaosphaeria_arxii
│   ├── all_assembly_versions
│   │   └── GCA_010015735.1_Aaoar1
│   │       ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_assembly_structure
│   │       ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_cds_from_genomic.fna.gz
│   │       ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_genomic.fna.gz
│   │       └── GCA_010015735.1_Aaoar1_rna_from_genomic.fna.gz
│   ├── latest_assembly_versions
│   │   └── GCA_010015735.1_Aaoar1
│   │       ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_assembly_structure
│   │       ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_cds_from_genomic.fna.gz
│   │       ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_genomic.fna.gz
│   │       └── GCA_010015735.1_Aaoar1_rna_from_genomic.fna.gz
│   └── representative
│       └── GCA_010015735.1_Aaoar1
│           ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_assembly_structure
│           ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_cds_from_genomic.fna.gz
│           ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_genomic.fna.gz
│           └── GCA_010015735.1_Aaoar1_rna_from_genomic.fna.gz

我没有发布“树”的输出，因为发布后没有以正确的格式看到它。每个学名“Aaosphaeria_arxii”都有三个子目录，我只想从“latest_assembly_versions”文件夹中提取文件，扩展名为“_genomic.fna.gz”。在这种情况下，将*“_genomic.fna.gz”重命名为科学名称“Aaosphaeria_arxii”。

问候

find

1 个回答

  1. Best Answer

    您可以使用以下rename命令：

    rename 's|((.+?)/.*/)(.*)|$1$2_$3|' */*/*/*fna.gz

    前：

    $ tree
.
└── Aaosphaeria_arxii
    ├── all_assembly_versions
    │   └── GCA_010015735.1_Aaoar1
    │       ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_assembly_structure
    │       ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_cds_from_genomic.fna.gz
    │       ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_genomic.fna.gz
    │       └── GCA_010015735.1_Aaoar1_rna_from_genomic.fna.gz
    ├── latest_assembly_versions
    │   └── GCA_010015735.1_Aaoar1
    │       ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_assembly_structure
    │       ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_cds_from_genomic.fna.gz
    │       ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_genomic.fna.gz
    │       └── GCA_010015735.1_Aaoar1_rna_from_genomic.fna.gz
    └── representative
        └── GCA_010015735.1_Aaoar1
            ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_assembly_structure
            ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_cds_from_genomic.fna.gz
            ├── GCA_010015735.1_Aaoar1_genomic.fna.gz
            └── GCA_010015735.1_Aaoar1_rna_from_genomic.fna.gz

7 directories, 12 files

    后：

    $ tree
.
└── Aaosphaeria_arxii
    ├── all_assembly_versions
    │   └── GCA_010015735.1_Aaoar1
    │       ├── Aaosphaeria_arxii_GCA_010015735.1_Aaoar1_cds_from_genomic.fna.gz
    │       ├── Aaosphaeria_arxii_GCA_010015735.1_Aaoar1_genomic.fna.gz
    │       ├── Aaosphaeria_arxii_GCA_010015735.1_Aaoar1_rna_from_genomic.fna.gz
    │       └── GCA_010015735.1_Aaoar1_assembly_structure
    ├── latest_assembly_versions
    │   └── GCA_010015735.1_Aaoar1
    │       ├── Aaosphaeria_arxii_GCA_010015735.1_Aaoar1_cds_from_genomic.fna.gz
    │       ├── Aaosphaeria_arxii_GCA_010015735.1_Aaoar1_genomic.fna.gz
    │       ├── Aaosphaeria_arxii_GCA_010015735.1_Aaoar1_rna_from_genomic.fna.gz
    │       └── GCA_010015735.1_Aaoar1_assembly_structure
    └── representative
        └── GCA_010015735.1_Aaoar1
            ├── Aaosphaeria_arxii_GCA_010015735.1_Aaoar1_cds_from_genomic.fna.gz
            ├── Aaosphaeria_arxii_GCA_010015735.1_Aaoar1_genomic.fna.gz
            ├── Aaosphaeria_arxii_GCA_010015735.1_Aaoar1_rna_from_genomic.fna.gz
            └── GCA_010015735.1_Aaoar1_assembly_structure

7 directories, 12 files

    解释

    该rename工具使用 perl 替换运算符：rename 's/old/new/. 这将通过替换为来重命名old文件new。可以是一个简单的old字符串，也可以是一个正则表达式，就像这里一样。

    正则表达式可以简化为：.+?/.*/.*它匹配“直到第一个/( ).+?/)的所有内容，然后是最后一个 ( ) 之前的所有内容，然后是最后/( .*/) 之前的所有内容.*。括号是所谓的“捕获组”。它们允许我们“捕获”匹配的字符串，然后将其作为$1, $2, ...$N用于尽可能多的括号。

    所以，在这里，我们实际上有((.+?)/.*/)(.*). 第一个外圆括号 ( ((.+?)/.*/)) 获取文件名之前的所有内容，因此它们将获取文件的路径，直到父目录。这成为$1. 第二个，内括号 ( (.+?)) 捕获成为的父目录$2。最后的括号 ( (.*)) 捕获文件的名称。

    使用上述所有方法，我们将文件重命名为$1$2_$3. 这是$1“文件的路径”（例如Aaosphaeria_arxii/all_assembly_versions/GCA_010015735.1_Aaoar1/），然后$2是父目录的名称，后跟a _，最后$3是原始文件名。

    您还没有向我们展示您期望的输出。如果您还想将文件移出其目录，则可以这样做：

    rename 's|((.+?)/.*/)(.*)|$2_$3|' */*/*/*fna.gz

    这将产生以下内容：

    $ tree
.
├── Aaosphaeria_arxii
│   ├── all_assembly_versions
│   │   └── GCA_010015735.1_Aaoar1
│   │       └── GCA_010015735.1_Aaoar1_assembly_structure
│   ├── latest_assembly_versions
│   │   └── GCA_010015735.1_Aaoar1
│   │       └── GCA_010015735.1_Aaoar1_assembly_structure
│   └── representative
│       └── GCA_010015735.1_Aaoar1
│           └── GCA_010015735.1_Aaoar1_assembly_structure
├── Aaosphaeria_arxii_GCA_010015735.1_Aaoar1_cds_from_genomic.fna.gz
├── Aaosphaeria_arxii_GCA_010015735.1_Aaoar1_genomic.fna.gz
└── Aaosphaeria_arxii_GCA_010015735.1_Aaoar1_rna_from_genomic.fna.gz
    • 5

相关问题