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kikibobo
Asked: 2020-07-17 00:16:44 +0800 CST

压缩某些文件名的字母数字大于其他文件

  • 772

我在 slurm 工作中压缩了文件。但是工作在完成之前被取消了。它需要很长时间（一个文件约 10 分钟，有 200 个文件）。如何仅压缩尚未压缩的剩余文件？

$ ls
 
SRR7121484_1.fastq
SRR7121484_1.fastq.gz
SRR7121484_2.fastq
SRR7121484_2.fastq.gz
SRR7121485_1.fastq
SRR7121485_2.fastq
SRR7121488_1.fastq
SRR7121488_2.fastq
....

如您所见，所有剩余文件都大于数字7121485。我试图提取这个值并使用条件，但是还没有成功。

提前致谢！

command-line bash gzip filename

1 个回答

  1. Best Answer

    您可以直接gzip在所有fastq文件上运行。默认情况下，它会询问您是否要覆盖现有文件：

    $ gzip -k *.fastq
SRR7121484_1.fastq.gz already exists -- do you wish to overwrite (y or n)?

    如果gzip无法从标准输入中读取任何内容，它只会跳过这些文件：

    % gzip -k *.fastq -v < /dev/null
gzip: SRR7121484_1.fastq.gz already exists -- skipping
gzip: SRR7121484_2.fastq.gz already exists -- skipping
SRR7121485_1.fastq:   -99.9% -- replaced with SRR7121485_1.fastq.gz
SRR7121485_2.fastq:   -99.9% -- replaced with SRR7121485_2.fastq.gz
SRR7121488_1.fastq:   -99.9% -- replaced with SRR7121488_1.fastq.gz
SRR7121488_2.fastq:   -99.9% -- replaced with SRR7121488_2.fastq.gz

    所以，只需运行：

    gzip -k *.fastq < /dev/null
    • 4

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