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Accepted
Another.Chemist
Asked: 2020-06-25 15:59:34 +0800 CST

在进行替换时保持原始间距 [AWK, SED, GREP, ...]

  • 772

我有两个文件，内容是：

文件 1：

ATOM      1  N   LEU     1     -10.186 -21.276  -0.497  1.00  0.00      PROT
ATOM      2  HT1 LEU     1     -10.773 -22.005  -0.843  1.00  0.00      PROT
ATOM      3  HT2 LEU     1      -9.316 -21.441  -0.958  1.00  0.00      PROT
ATOM      4  HT3 LEU     1     -10.007 -21.389   0.478  1.00  0.00      PROT
ATOM      5  CA  LEU     1     -10.642 -19.924  -0.729  1.00  0.00      PROT
ATOM      6  HA  LEU     1     -10.092 -19.286  -0.214  1.00  1.00      PROT
ATOM      7  CB  LEU     1     -10.604 -19.551  -2.214  1.00  1.00      PROT
ATOM      8  HB1 LEU     1     -11.432 -19.802  -2.731  1.00  1.00      PROT
ATOM      9  HB2 LEU     1      -9.764 -19.989  -2.566  1.00  1.00      PROT
ATOM     10  CG  LEU     1     -10.447 -17.969  -2.340  1.00  1.00      PROT

文件 2：

ATOM      1  N   LEU     1     -10.186 -21.276  -0.497  1.00  2.00      PROT
ATOM      2  HT1 LEU     1     -10.773 -22.005  -0.843  1.00  4.00      PROT
ATOM      3  HT2 LEU     1      -9.316 -21.441  -0.958  5.00  4.00      PROT
ATOM      4  HT3 LEU     1     -10.007 -21.389   0.478  1.00  4.00      PROT
ATOM      5  CA  LEU     1     -10.642 -19.924  -0.729  1.00  3.00      PROT
ATOM      6  HA  LEU     1     -10.092 -19.286  -0.214  1.00  4.00      PROT
ATOM      7  CB  LEU     1     -10.604 -19.551  -2.214  1.00  3.00      PROT
ATOM      8  HB1 LEU     1     -11.432 -19.802  -2.731  1.00  4.00      PROT
ATOM      9  HB2 LEU     1      -9.764 -19.989  -2.566  1.00  4.00      PROT
ATOM     10  CG  LEUUUU  1     -10.447 -17.969  -2.340  1.00  3.00      PROT

所需的输出文件将是：

ATOM      1  N   LEU     1     -10.186 -21.276  -0.497  1.00  0.00      PROT
ATOM      2  HT1 LEU     1     -10.773 -22.005  -0.843  1.00  0.00      PROT
ATOM      3  HT2 LEU     1      -9.316 -21.441  -0.958  5.00  0.00      PROT
ATOM      4  HT3 LEU     1     -10.007 -21.389   0.478  1.00  0.00      PROT
ATOM      5  CA  LEU     1     -10.642 -19.924  -0.729  1.00  0.00      PROT
ATOM      6  HA  LEU     1     -10.092 -19.286  -0.214  1.00  1.00      PROT
ATOM      7  CB  LEU     1     -10.604 -19.551  -2.214  1.00  1.00      PROT
ATOM      8  HB1 LEU     1     -11.432 -19.802  -2.731  1.00  1.00      PROT
ATOM      9  HB2 LEU     1      -9.764 -19.989  -2.566  1.00  1.00      PROT
ATOM     10  CG  LEUUUU  1     -10.447 -17.969  -2.340  1.00  1.00      PROT

我想用文件1中第10列的内容替换文件2第10列的内容

我的第一次尝试是：

awk -v OFS="\t" 'FNR==NR{a[NR]=$10;next}{$10=a[FNR]}1' file1 file2

但是我得到的选项卡式文件，我用来读取它的程序，它不会以选项卡式的形式读取它。

然后，我尝试了：

awk 'FNR==NR{a[NR]=$10;next}{$10=a[FNR]}1' file1 file2

而且程序也不会读取它。

所以...我需要保持原来的间距。

有什么建议吗？

command-line bash sed grep awk

2 个回答

  1. 解决方案：

    awk -v FIELDWIDTHS="61 1:4 1:10" 'FNR==NR{a[NR]=$2;next}{$2=a[FNR]}1' file1 file2

    解决过程：

    由于 awk 删除了除一个空格之外的所有字符，我想了一种方法来包含这些空格并为fieldsawk 中命名的列定义固定宽度。正如《GNU Awk 用户指南》FIELDWIDTHS手册中所解释的那样，选项出现了：

    通过将包含空格分隔的数字的字符串分配给内置变量 FIELDWIDTHS 来指定将输入记录拆分为固定宽度的字段。每个数字指定字段的宽度，包括字段之间的列。

    所以起初我想出了：awk -v FIELDWIDTHS="9 3 4 8 6 8 9 8 6 10 4" 'FNR==NR{a[NR]=$10;next}{$10=a[FNR]}1' file1 file2但是输出在从第二个开始的所有字段前面添加了一个空格（NewField-character）。因此，我尝试跳过一个字符，:1在除第一个字段定义之外的所有字段定义之前添加，但这并没有达到我想要的效果 - 实际上它让事情变得更糟。

    但是由于只有一个指定的字段需要编辑，我想为什么不将文件分成三个字段，所以我想出了： awk -v FIELDWIDTHS="62 4 10" 'FNR==NR{a[NR]=$2;next}{$2=a[FNR]}1' file1 file2但又是那些额外的空格字符。所以我从第一个字段的长度中减去了 1，并习惯于1:为以下字段跳过一个字符。

    这看起来很尴尬，但给出了所需的输出；）

    PS：在测试时，我使用（图形差异应用程序）比较输出 - 我通过添加到命令末尾meld写入 file3 - 与 file2。 > file3

    • 1
  2. Best Answer

    这在很大程度上受到 Ed Morton 在https://stackoverflow.com/questions/22203066/column-replacement-with-awk-with-retaining-the-format中的回答的启发

    使用 GNU awk (gawk)，您可以运行：gawk -f my.awk file2.txt file1.txt，其中 my.awk 为：

    NR==FNR { pdb[NR]=$0; next }
{
split(pdb[FNR],flds,FS,seps)
flds[10]=$10
for (i=1;i in flds;i++)
printf "%s%s", flds[i], seps[i]
print ""
}
    • 1

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