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Stephan
Asked: 2020-06-03 00:30:43 +0800 CST

从内容重命名文件

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100000cpds_ligand_00001.pdbqt我在名为,的目录中有数千个扩展名为 .pdbqt 的 txt 文件100000cpds_ligand_00002.pdbqt，100000cpds_ligand_*****.pdbqt并且想根据其内容中的唯一标识符重命名它们。

标识符REMARK Name = PV-000009607404以单行形式给出，其中PV-000009607404可以是可变长度、文本和数字（例如ZINC001248485427，等）。我只想将标识符部分保留在文件名中，而不是REMARK Name =部分。所以，我会例如更改100000cpds_ligand_00001.pdbqt为PV-000009607404.pdbqt. 我可以从命令行做到这一点，但我想使用一个小脚本。

非常感谢您的帮助！

batch-rename rename

2 个回答

  1. Best Answer

    我做了一个应该只复制文件而不是重命名的例子。评论指出了一些逻辑。我不是 bash 专家，但我在文件上对此进行了测试。

    您应该在与源文件相同的目录中创建此文件，并将其命名为pdbqt-mover.sh.

    要么通过键入调用它，bash pdbqt-mover.sh要么您必须设置文件的权限，以便您可以使用./pdbqt-mover.sh.

    #!/bin/bash
# process only files starting with 100000cpds_ligand_ and ending in .pdbqt
for infile in 100000cpds_ligand_*.pdbqt; do

  # get the pv-* string from lines beginning with "REMARK  Name = "
  # get the group matching PV-**** up to the end of the line
  pvnum=$(sed -n 's/^REMARK  Name = \(PV-\S*\)/\1/p' "$infile")

  # construct the output filename
  outfile="$pvnum".pdbqt

  # only copy if the output file doesn't exist
  if [ ! -f $outfile ] ; then
    # cp instead of mv
    cp "$infile" "$outfile"
    echo "Copied $infile to $outfile"
  else
    echo "File $outfile exists! Skipping"
  fi
done
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  2. 使用 grep 和一个名为 RANGER 的终端文件浏览器很容易做到这一点。首先使用 grep 拉出包含文件名的行。例如

    grep REMARK * > fnlist

    编辑 fnlist 并去掉“REMARK NAME =”的冗余字符串。您现在有了一个干净的新文件名列表。

    启动 Ranger，导航到包含文件的目录并执行批量重命名操作。出现时粘贴 nflist 的内容，您就完成了。

    • 0

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