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Angel
Asked: 2020-01-18 08:19:14 +0800 CST

合并这些文件

  • 772

在一个文件夹中有一组匹配的文件，每对文件的名称是这样的，带有一个基本名称，例如

LP6005334-DNA_H01_vs_LP6005333-DNA_H01.passed.somatic.indels.vcf.parsed.txt

和

LP6005334-DNA_H01_vs_LP6005333-DNA_H01.passed.somatic.indels.vcf_fixed_vcf.txt.hg19_multianno.txt

我如何columns 5th and 6th从文件passed.somatic.indels.vcf.parsed名中提取文件并将这些列附加到匹配的文件 ( ) 中，返回带有基本名称( )passed.somatic.indels.vcf_fixed_vcf.txt.hg19_multianno的输出.txtLP6005334-DNA_H01_vs_LP6005333-DNA_H01

为了切割我所做的列

[

fi1d18@cyan01 folder]$ for f in *.passed.somatic.indels.vcf.parsed.txt; do awk '{print $5,$6}' $f > $out
> done;
-bash: $out: ambiguous redirect

此后我不知道如何找到匹配的查找并将剪切列附加到

这是一对这些文件的链接

https://www.dropbox.com/s/y4jx1rznswqz6dq/LP6008460-DNA_G03_vs_LP6008340-DNA_C05__pv.1.7__rg.grch37_g1k__al.bwa_mem__.passed.somatic.indels.vcf_fixed_vcf.txt.hg19_multianno.txt?dl=0

和

bash loop-device

1 个回答

  1. Best Answer

    这取决于你的文件是如何分隔的，但你应该能够使用类似的东西

    for f in *.vcf.parsed.txt; do 
  cut -f3,4 "$f" | paste "${f%.parsed.txt}_fixed_vcf.txt.hg19_multianno.txt" - > "${f%%.*}.txt"
done

    扩展${f%.parsed.txt}和${f%%.*}分别从循环文件名中删除最短和最长的“点后缀”。

    对于文件对

    LP6008336-DNA_H02_vs_LP6008333-DNA_H02.snp.pass.txt                     
LP6008336-DNA_H02_vs_LP6008333-DNA_H02.snp.pass.txt.hg19_multianno.txt

    不符合原始问题中的命名约定，您需要相应地更改模式匹配

    前任。

    for f in *.pass.txt; do
    cut -f60,61 "$f" | paste "$f.hg19_multianno.txt" - > "${f%%.*}.txt"; 
done
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