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stackinator
Asked: 2018-07-17 08:58:55 +0800 CST

R 3.5.0 不适用于 Ubuntu 18.04

  • 772

我刚刚在我的测试台笔记本电脑上安装了 Ubuntu 18.04。全新安装（选择“最小”选项）。我做的前两件事是安装R 3.5和R Studio 1.1.453. 如果我打开全新安装的 R 并让它闲置 30 分钟左右，我最终会收到错误消息"Error: Unable to establish connection with R session"。

在这个时间点上，我什么都做不了R Studio，我必须xkill重新加载所有内容才能继续编程。R/R Studio互联网搜索显示，自从人们在使用 GNOME 的 Ubuntu 机器上进行安装以来，这个问题一直在反复出现。我不确定 GNOME 是否是根本原因，但这很有趣。

有人解决了这个问题吗？或者，也许您在 Ubuntu 18.04 上运行 R 3.5 没有问题。请告诉我。在这个问题导致我的系统崩溃之前，我只能运行 30 分钟左右。我的系统是全新安装的 Bionic Beaver，上面只有 R。诡异的。

------ 对于那些想知道的人 ------

R的安装是通过

sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/"
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base r-base-dev

并且 R Studio 是通过 Ubuntu 软件中心 https://download1.rstudio.org/rstudio-xenial-1.1.453-amd64.deb通过此链接安装的

并且推测 R Studio 的预览版可能会解决这个问题（待定） https://s3.amazonaws.com/rstudio-ide-build/desktop/trusty/amd64/rstudio-1.2.792-amd64.deb

gnome r 18.04

2 个回答

  1. Best Answer

    目前CRAN 镜像默认提供 R 3.6。

    要在 Ubuntu 18.04 LTS 上获得 R 3.5，我们需要添加 CRAN 存储库：

    sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/"
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update

    然后使用 long single 命令将 APT 调整为 CRAN 存储库的 R 3.5.x 版本的最高优先级：

    cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/preferences.d/pin-r35
Package: r-*
Pin: release a=bionic-cran35
Pin: version 3.5*
Pin-Priority: 800

Package: r-cran-nlme
Pin: release a=bionic-cran35
Pin: version 3.1.139-1bionic0
Pin-Priority: 800

Package: r-cran-cluster
Pin: release a=bionic-cran35
Pin: version 2.0.8-1bionic0
Pin-Priority: 800
EOF

    然后使用以下命令安装 R 3.5：

    sudo apt-get install r-base r-base-dev

    最后检查 R 版本是否为 3.5：

    $ R

R version 3.5.3 (2019-03-11) -- "Great Truth"

    笔记：

    1. 我已经在干净的 Ubuntu 18.04 LTS VM 上检查了这个方法，安装了两个基本的 R 包 -r-base和r-base-dev（以及它们的依赖项）。
    2. 如果您想恢复到 R 3.6 - 然后只需删除 pin/lock 文件sudo rm /etc/apt/preferences.d/pin-r35并运行sudo apt-get dist-upgrade以获取最新的依赖项。
    3. 对于 Ubuntu 16.04 LTS，该方法非常相似 - 请参阅我的其他答案。
    • 4

  2. 我想我确实按照你的步骤。我尽我所能“清理”了我的系统（如前所述；见下文）然后做了

    sudo apt-get install r-base

    这似乎（正如我之前在 Ubuntu Mate 社区列表中所说，您告诉我将讨论切换到此位置）可以毫无怨言地运行，但没有产生可执行文件。

    我试过了

    dpkg -l | grep "^ii -r"

    刚才，按照你的例子，并没有得到任何输出。因此，“dpkg”似乎认为 r-base 尚未安装。

    但是“sudo apt-get install r-base”的输出似乎说它已经安装了。到底是怎么回事？

    补充：我已经解决了这个问题。在其他地方有人建议我尝试做

    dpkg -l r-base-core

    这产生了启发性的输出：

    Desired=Unknown/Install/Remove/Purge/Hold
| Status=Not/Inst/Conf-files/Unpacked/halF-conf/Half-inst/trig-aWait/Trig-  pend
|/ Err?=(none)/Reinst-required (Status,Err: uppercase=bad)
||/ Name             Version       Architecture  Description
+++-================-=============-=============-======================================
ii  r-base-core      3.5.2-1bionic amd64         GNU R core of statistical computation

    消息的性质促使我尝试

    sudo apt purge r-base-core

    它运行并说它正在删除很多东西。

    然后我尝试了

     sudo apt-get install r-base-core

    它运行并提供了比我之前运行“sudo apt-get install r-base”时产生的更多输出。（注意：我一直在输入 r-base而不是r-base-core。）它表明它正在做很多看起来很有希望实际安装R的东西。

    事实上，诺言已经兑现。然后我开始 R 并得到：

    R version 3.5.2 (2018-12-20) -- "Eggshell Igloo"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

    达达！！！

    问题可能是我之前一直在说

    “sudo apt-get install r-base”而不是

    “sudo apt-get install r-base-core”。

    如果 R 先前已从源代码安装，则可能需要后者，否则只需“r-base”就足够了。我没有足够的知识说。其他人可能能够提供见解。

    • 1

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