我面临的情况：我设置了一台 CentOS 5.9 机器，它应该尽可能接近另一台 CentOS 5.9 机器的副本，但不是克隆。使用 yum，我（尽可能地）在目标机器上安装了所有软件包，这些软件包也安装在源机器上（如 和 报告的那样yum list installed）rpm -qa。之后我使用 md5deep 查找目标机器上仍然丢失的文件。我发现丢失的文件比我预期的要多得多，从而发现了我当前的问题。
在目标和源机器上都安装了包 traceroute-3:2.0.1-6.el5.i386 （说yum list installed）。在两台机器上repoquery --info --show-duplicates traceroute只列出了这个版本的包，并告诉我它可以在基础存储库中找到。在两台机器上rpm -ql traceroute-2.0.1-6.el5.i386列出相同的文件。在两台机器上都rpm -V traceroute-2.0.1-6.el5.i386告诉我安装进展顺利（没有文件修改/丢失）。快速查看 traceroute-2.0.1-6.el5.i386.rpm 仅显示二进制文件 (/bin/traceroute)、符号链接和文档，因此我不希望在安装该软件包时进行编译（但是我不是 RPM 专家，这只是快速查看，而不是彻底检查）。在两台机器上file /bin/traceroute告诉我。/bin/traceroute: ELF 32-bit LSB executable, Intel 80386, version 1 (SYSV), for GNU/Linux 2.6.9, dynamically linked (uses shared libs), stripped/bin/traceroute 在两台机器上的大小相同。
然而，当我md5sum /bin/traceroute在两台机器上执行时，我得到了不同的结果。xxd & diff 显示有几十个字节不同，并且差异似乎在实际代码中（尚未对其进行反汇编，但更改的部分不是人类可读的字符串）。traceroute 只是一个随机示例，在 /bin、/sbin 和 /lib 中还有几十个不同的文件。
知道发生了什么吗？我一直认为，只要编译/编辑不是安装的一部分，两次安装相同的包会产生完全相同的文件。至少我希望这rpm -V会告诉我有关已被篡改的文件的信息。如果 yum 能够告诉我它从哪个存储库下载了 RPM 文件，那将会有所帮助，但据我所知，我的 yum (3.2.22) 版本中不存在该工具。需要明确的是：repoquery 不会告诉我从哪个存储库下载了一个包，它只告诉我它在哪里可用。如果相同的包在 2 个或更多已启用的存储库中可用，repoquery 会列出所有包。Yum 可以决定它想要哪些副本，而且它似乎没有在任何日志文件中记录这个决定。
我以前在 RHEL 发行版上遇到过这个问题。比我更聪明的人确定了行为的根源：prelink
要对其进行测试，请在之前识别出不同哈希值的两个系统上运行以下命令并比较输出。