更新实际答案：我选择了下面的单一答案，因为它鼓励更深入地研究实际机器、实际用户等。该问题仅出现在 Microsoft Word 文件中，并且仅针对特定用户。观察用户行为后，上传期间保持 Word 处于打开状态的用户似乎会遇到这种情况。我们的假设是 Word 在文件仍在上传时将 SmartTag 信息写入文件，从而导致文件损坏。它似乎更多地发生在远程/VPN 连接上，因为上传速度较慢，这给了我们更高的 Word 写入文件的统计机会。LAN 上的上传速度非常快，以至于 Word 写入的机会较低。
我们看到文件上传有时到达服务器损坏的问题。它永远不会发生在实际坐在 LAN 上的用户身上，只有使用 VPN 连接的用户才会发生。它们都运行相同的映像：干净的 IE6、XP。服务器是使用 Apache Commons File Upload 1.2.1 库的 Tomcat 5.0.28。VPN 连接确实跨越北美和印度，因此延迟可能很大。
对提出的问题的回答：
有没有办法让您进一步缩小范围，例如这只是来自特定站点、特定用户或特定机器上的用户？ 不，唯一的共同点是 VPN 连接，尽管有一组 VPN 用户从未遇到过这个问题，而其他人则经常遇到这个问题
腐败似乎发生在一天中的特定窗口吗？不，它可能随时发生
他们是否能够以不同的协议传输文件，并且是否存在相同的损坏问题？当文件上传导致版本损坏时，他们总是通过电子邮件发送文件。通过电子邮件发送文件始终有效。
您是否能够将文件从您的站点复制到他们的站点并看到相同的结果，间歇性损坏？如果损坏是双向发生的，那可以告诉您是否是传输过程本身导致了它。这是一个好主意。我会尝试并报告。
有没有办法在他们这边设置一个服务器来存储数据，然后定期在两台服务器之间运行脚本化的数据同步？好主意，但由于法律和人员配备原因，这是不可能的。
可能是延迟本身导致问题，不一定是 VPN。
有没有办法让您进一步缩小范围，例如这只是来自特定站点、特定用户或特定机器上的用户？
腐败似乎发生在一天中的特定窗口吗？
他们是否能够以不同的协议传输文件，并且是否存在相同的损坏问题？
您是否能够将文件从您的站点复制到他们的站点并看到相同的结果，间歇性损坏？如果损坏是双向发生的，那可以告诉您是否是传输过程本身导致了它。
有没有办法在他们这边设置一个服务器来存储数据，然后定期在两台服务器之间运行脚本化的数据同步？RSync 之类的东西应该能够补偿嘈杂的通信。Unison 也可以工作，这样您将拥有两台带有数据副本的服务器，并且您将获得远程站点更快访问数据的额外好处。