Carlos Fernandes's questions

Estou interessado em analisar 50 conjuntos de dados diferentes com um script e salvar a saída de cada uma das 50 análises em 50 diretórios correspondentes diferentes. Para evitar fazer isso manualmente, como isso poderia ser feito de forma automatizada, ou seja, em 'modo batch'?

Para executar, o script usa um conjunto de executáveis, todos os quais residem em um diretório chamado 'Programas', e também requer um arquivo de parâmetro de entrada. Cada conjunto de dados na verdade consiste em dois arquivos (infile.ped e infile.map). Aprendi, por meio de uma pergunta que fiz anteriormente ( Como salvar a saída de cada iteração de um comando de loop em uma nova pasta diferente? ), que se eu quisesse executar 50 execuções de replicação para um único conjunto de dados, uma solução seria:

for dir in dir{01..50}; do
  mkdir -p "$dir" &&
    ln -sf ../{script.sh,infile.{ped,map},INPUT_PARAMETERS_FILE,PROGRAMMES} "$dir" &&
    (cd "$dir" && exec bash ./script.sh infile)
done

Minha pergunta aqui é como esse loop poderia ser adaptado ao caso em que, em vez de um único conjunto de dados, o objetivo é analisar automaticamente, por exemplo, 50 conjuntos de dados diferentes (infile_1.ped e infile_1.map; infile_2.ped e infile_2.map; ...; infile_50.ped e infile_50.map).

Sou um novato em Unix, então peço desculpas se a solução para essa pergunta for muito fácil. Estou interessado em executar um script várias vezes (porque o processo/algoritmo não produz exatamente a mesma resposta em cada réplica; o objetivo é então obter uma média, intervalo de confiança, etc. das execuções de réplicas), e para isso estou tentando usar um loop (neste exemplo para 50 réplicas):

for i in {1..50}; do bash script.sh infile.txt; done

Mas assim, obviamente, a saída de cada nova iteração sobrescreve a saída da anterior. Gostaria de saber como posso salvar a saída (uma série de arquivos e pastas) de cada iteração em uma nova pasta diferente, ou seja, para um total de 50 pastas neste exemplo. Estou tentando fazer isso no terminal em um Mac.

Atualização: Desculpe, esqueci de mencionar que o script requer, para ser executado com sucesso, a leitura de um arquivo de parâmetros de entrada e usa/invoca um monte de executáveis, todos localizados dentro de uma pasta chamada PROGRAMMES. Então, em uma execução normal do script, ambos, mais o script e o infile, ficam na mesma pasta. Mais especificamente, a parte inicial do script contém os seguintes argumentos (aqui está um link para o script: https://github.com/esrud/GONE/blob/master/MacOSX/script_GONE.sh ):

### Set arguments

### Take input parameters from file INPUT_PARAMETERS_FILE

source INPUT_PARAMETERS_FILE

### EXECUTABLES FILES NEEDED IN DIRECTORY PROGRAMMES:

### MANAGE_CHROMOSOMES2
### LD_SNP_REAL3
### SUMM_REP_CHROM3
### GONE (needs gcc/7.2.0)
### GONEaverages
### GONEparallel.sh

Muito obrigado por qualquer sugestão/ajuda.

Carlos