Tenho duas imagens Docker, cada uma com muitas camadas. Quero comparar todos os arquivos da primeira imagem com todos os arquivos da segunda, para ver o que foi alterado.
Eu tentei tarar as imagens usando
docker image save <image no> > MyImage.tar
Mas quando eu descompacto isso, recebo mais de 100 diretórios, cada um contendo
VERSION json layer.tar
Então isso é inútil
Construindo uma imagem Docker. Tentando construir samtools. O que eu instalei:
FROM rockylinux:8
RUN dnf -y update && dnf -y upgrade && dnf -y --allowerasing install wget libcurl curl git vim cmake gcc gcc-c++ zip unzip zlib zlib-devel tbb tbb-devel tar bzip2 bzip2-devel ncurses-devel
Então eu tenho YUM e dnf, mas não o apt-get. Recebo este erro quando tento construir samtools
configure: error: liblzma development files not found
The CRAM format may use LZMA2 compression, which is implemented in HTSlib
by using compression routines from liblzma <http://tukaani.org/xz/>.
Building HTSlib requires liblzma development files to be installed on the
build machine; you may need to ensure a package such as liblzma-dev (on Debian
or Ubuntu Linux), xz-devel (on RPM-based Linux distributions or Cygwin), or
xz (via Homebrew on macOS) is installed; or build XZ Utils from source.
Either configure with --disable-lzma (which will make some CRAM files
produced elsewhere unreadable) or resolve this error to build HTSlib.
configure: error: ./configure failed for htslib-1.13
Eu encontrei isso , mas requer o apt-get.
O que eu tentei e como falhou:
[root@29b6e2a8aef2 samtools-1.13]# dnf -y install liblzma-devel
Last metadata expiration check: 0:48:17 ago on Wed Oct 4 00:25:57 2023.
No match for argument: liblzma-devel
Error: Unable to find a match: liblzma-devel
[root@29b6e2a8aef2 samtools-1.13]# dnf -y install liblzma*
Last metadata expiration check: 0:48:23 ago on Wed Oct 4 00:25:57 2023.
Package xz-libs-5.2.4-4.el8_6.aarch64 is already installed.
Dependencies resolved.
Nothing to do.
Complete!
[root@29b6e2a8aef2 samtools-1.13]# dnf -y install xz-libs seems
Last metadata expiration check: 0:50:48 ago on Wed Oct 4 00:25:57 2023.
Package xz-libs-5.2.4-4.el8_6.aarch64 is already installed.
No match for argument: seems
Error: Unable to find a match: seems
[root@29b6e2a8aef2 samtools-1.13]# dnf -y install xz-libs
Last metadata expiration check: 0:50:54 ago on Wed Oct 4 00:25:57 2023.
Package xz-libs-5.2.4-4.el8_6.aarch64 is already installed.
Dependencies resolved.
Nothing to do.
Complete!
[root@29b6e2a8aef2 samtools-1.13]# dnf -y install xz-libs*
Last metadata expiration check: 0:51:02 ago on Wed Oct 4 00:25:57 2023.
Package xz-libs-5.2.4-4.el8_6.aarch64 is already installed.
Dependencies resolved.
Nothing to do.
Complete!
Recentemente, substituí adoptopenjdk-13 por adoptopenjdk-16. Eu tenho um arquivo de script que usa a ferramenta pelo nome, então alterei de 13 para 16. Seu novo conteúdo:
#!/bin/bash
if [ -z ${JAVA_OPTS+x} ]
then
# Set some defaults
JAVA_OPTS=""
fi
/Library/Java/JavaVirtualMachines/adoptopenjdk-16.jdk/Contents/Home/bin/java $JAVA_OPTS -jar $CROMWELL_HOME/womtool.jar "$@"
me $ which bash
/bin/bash
me $ ll /usr/local/cromwell
total 16
drwxr-xr-x 6 root wheel 192B Sep 27 12:43 ./
drwxr-xr-x 23 root wheel 736B Nov 10 2020 ../
-rwxr-xr-x@ 1 root wheel 210B Sep 27 12:42 cromwell*
lrwxr-xr-x 1 root wheel 39B Jul 14 15:14 cromwell.jar
-rwxr-xr-x@ 1 root wheel 208B Sep 27 12:41 womtool*
lrwxr-xr-x 1 root wheel 38B Jul 14 15:14 womtool.jar
m082166@me $ $CROMWELL_HOME/womtool validate MyWDL.wdl
-bash: /usr/local/cromwell/womtool: /bin/bash: bad interpreter: Operation not permitted
me $ /Library/Java/JavaVirtualMachines/adoptopenjdk-16.jdk/Contents/Home/bin/java $JAVA_OPTS -jar $CROMWELL_HOME/womtool.jar validate MyWDL.wdl
Success!
Por que o bash está se recusando a me deixar executar o script, quando a execução do conteúdo do script está perfeitamente bem? Isso literalmente quebrou depois que eu atualizei o arquivo de script para apontar para a ferramenta correta
Temos um código que gera um grande número de arquivos com nomes como stdout, stdout.qsub, stderr, stderr.foo, etc.
eu gostaria de fazer
find <dir> -name (stdout|stderr) -exec ...
e encontre apenas arquivos stdout e stderr, sem stdout.qsub, etc.
Então eu não posso fazer '-name "std*"'. Nesse caso, posso fazer '-name "std[eo][ru][rt]"' e funciona porque não haverá nenhum arquivo stdeut a ser encontrado por essa pesquisa.
Existe uma maneira mais limpa de fazer isso do que '-name "std[eo][ru][rt]"'?
CentOS versão 6.10 (final)
GNU gdb (GDB) Red Hat Enterprise Linux (7.2-92.el6)
Meu programa está travando e gerando um despejo de núcleo. Infelizmente, ele está tentando despejá-lo no meu diretório pessoal, o que não chega nem perto de ter espaço para mantê-lo:
BFD: Aviso: core.30906 está truncado: tamanho esperado do arquivo principal >= 155732344832, encontrado: 29430394880.
Eu preciso definir as coisas para que, quando eu iniciar meu programa, qualquer despejo de núcleo vá para um local que eu especificar, onde houver espaço disponível. Eu olhei aqui , mas as respostas parecem exigir sudo e se aplicam a todas as contas. Eu preciso de algo que funcione sem acesso root e se aplique apenas à minha conta.