Felipe Evaristo's questions

Estou tentando tarcompactar recursivamente todos os arquivos com .lammpstrjextensão na árvore de diretórios, começando no diretório cujo caminho está armazenado na variável home. homecontém o script contendo meus tarcomandos e 57 subdiretórios, cada um contendo um par de subsubdiretórios chamados Soft_Pushoffe Equilibrium_NVT. Cada diretório Soft_Pushoffou Equilibrium_NVTcontém um .lammpstrjarquivo. O loop que estou usando para realizar esta tarefa é:

for index in $(seq 1 57)
do
    cd $home/$index/Soft_Pushoff/
    file=`find ./ -mindepth 1 -maxdepth 1 -name "*.lammpstrj" -print`
    tar cvf - ./$file | gzip -9 - > $file.tar.gz
    cd $home/$index/Equilibration_NVT/
    file=`find ./ -mindepth 1 -maxdepth 1 -name "*.lammpstrj" -print`
    tar cvf - ./$file | gzip -9 - > $file.tar.gz
done

À medida que varre um dos 57 subdiretórios de home, esta seção do código geralmente imprime:

././equilibration_nvt.lammpstrj
././soft_pushoff.lammpstrj

para o terminal. No entanto, em 3 instâncias diferentes, isto é o que esta seção do código imprime:

././equilibration_nvt.lammpstrj
././soft_pushoff.lammpstrj
./
./time.txt
./soft_pushoff.restart.10000
./equilibration_nvt.lmp
./.tar.gz
tar: ./.tar.gz: file changed as we read it
./equilibration_nvt_pitzer.sh
./eps.txt
././soft_pushoff.lammpstrj
././equilibration_nvt.lammpstrj

Nenhum dos arquivos "sinalizados" tardeve ser operado pelos tarcomandos que estou usando, então estou confuso sobre por que eles estão listados ao lado da mensagem de aviso tar: ./.tar.gz: file changed as we read it? Além disso, nenhum desses arquivos está realmente mudando conforme tara operação nos .lammpstrjarquivos. O que poderia explicar esta mensagem de aviso e, o mais importante, posso confiar que nenhum dos .lammpstrj.tar.gzarquivos escritos pelos meus tarcomandos está corrompido, especialmente aqueles associados a esta mensagem de aviso?

Se isso for relevante, meu script está sendo executado em um servidor remoto. Os .lammpstrjarquivos que estou tentando compactar têm até 15,2 Gb de tamanho. Demora cerca de 2,5 dias para que meu script seja executado neste servidor remoto.

Eu tenho um arquivo que contém o mesmo padrão várias vezes. Estou tentando realizar seduma série de operações apenas para a segunda ocorrência desse padrão. O arquivo fica assim:

pattern
line 1
line 2
line 3
...
pattern
line 4
line 5
line 6
...
pattern
line 7
line 8
line 9

Minha saída desejada é line 4. Atualmente tenho:

sed -n '/pattern/{n;p;q;}' file

impressão line 1. Como posso modificar meu comando para obter line 4? Estou usando a versão macOS do sed.

Eu tenho um arquivo parecido com este:

# Time-averaged data for fix avetimeall
# TimeStep Number-of-rows
# Row c_gyrationchunkall
1000 3
1 2.09024e-14
2 4.88628
3 5.69321
2000 3
1 2.10518e-14
2 8.33702
3 8.83162
3000 3
1 1.96656e-14
2 12.1396
3 11.5835
...

No meu arquivo, as três primeiras linhas são sempre cabeçalhos. Após os cabeçalhos, meu arquivo lista blocos de dados do mesmo tamanho, cada um começando com um subcabeçalho rotulado. Quero reorganizar os dados em meu arquivo de modo que os dados em cada bloco sejam enviados em uma linha começando com a parte relevante do rótulo desse bloco e listando posteriormente os valores de dados relevantes desse bloco, todos separados uns dos outros por espaços . Por exemplo, quero converter a amostra acima em:

# Time-averaged data for fix avetimeall
# TimeStep c_gyrationchunkall
1000 2.09024e-14 4.88628 5.69321
2000 2.10518e-14 8.33702 8.83162
3000 1.96656e-14 12.1396 11.5835
...

Como faço isso no Bash? Tenho alguma experiência em Bash, mas infelizmente não o suficiente para lidar com esse problema rapidamente...