motor 30's questions

Tenho um arquivo de texto grande e quero dividir os valores da coluna 7 (BETA) para a coluna 8 (SE), e fazer uma nova coluna no final da tabela com os resultados (coluna 11). O problema é que alguns valores na coluna 7 passaram do zero e são negativos.

SNP         CHR BP         A1 AX A1_FREQ BETA        SE         P          OBS_CT
rs10875231  1   100000012  T  G  0.405   -0.0456807  0.02260471 0.04335677 4400
rs6678176   1   100000827  C  T  0.383   0.02553138  0.02287662 0.2645817  4400
rs78590530  1   100000948  A  G  0.016   0.171376    0.08757958 0.05035017 4400
rs149636485 1   100001060  A  G  0.004   -0.03363731 0.1819208  0.8529224  4400
rs116216467 1   100001233  C  T  0.043   -0.06690947 0.05683414 0.238941   4400

Estou tentando classificar um arquivo genético com base em chr (coluna 2) e posição (coluna 3) que começam de baixo para cima. minha mesa esta assim em arquivo grande

SNP CHR BP  A1  A2  effect_allele_frequency BETA    standard_error  P
rs10875231  1   100000012   T   G   0.405   -0.0456807  0.02260471  0.04335677
rs6678176   1   100000827   C   T   0.383   0.02553138  0.02287662  0.2645817
rs78590530  1   100000948   A   G   0.016   0.171376    0.08757958  0.05035017
rs149636485 1   100001060   A   G   0.004   -0.03363731 0.1819208   0.8529224

Quero ordenar CHR (de 1 a 22) de forma que a posição também comece de baixo para cima desconsiderando outras colunas e para cada chr separadamente. Eu tentei este comando de classificação

sort -t $'\t' -nk3 myfile.tsv | sort -t $'\t' -nk2  > test.txt

dá ordem em chr (coluna 2), mas não em posição (coluna 3). parece que a coluna 1 interfere:

SNP CHR BP  A1  A2  effect_allele_frequency BETA    standard_error  P
rs1000033   1   226580387   G   T   0.416   0.02958699  0.02295015  0.1971771
rs1000050   1   162736463   T   C   0.378   0.06136397  0.02293639  0.007468015
rs1000070   1   222359612   C   T   0.381   0.02563547  0.02294139  0.2638107
rs1000073   1   157255396   G   A   0.387   -0.01470793 0.02273634  0.517414
rs1000085   1   66857915    C   G   0.024   -0.03536382 0.07555889  0.6394446
rs1000127   1   63432716    C   T   0.157   0.003052272 0.03045933  0.919875

Como posso classificar pela coluna 2 e depois apenas pela 3?

Eu tenho um arquivo enorme com valores numéricos em muitas colunas e linhas. Os valores nas colunas após a coluna 6 são todos numéricos mais ausentes como NA ( 0ou 1ou 2ou NA).

Gostaria de alterar os valores em todas as colunas da coluna 7 em diante desta forma: 0to A A, 1to A B, 2to B Be NAto 0 0. Desta forma, o cabeçalho da coluna 7, será duas vezes para cada um. Posso fazer isso usando awk? Meu arquivo de entrada é assim, mas muitas colunas depois disso. Meu arquivo de saída deve ser delimitado por tabulação.

id1 id2 parental    maternal    sex phenotype   A_101   A_102   A_103   
20907153    20907153    0   0   -9  -9  1   0   0   0   0   0   
31405729    31405729    0   0   -9  -9  0   0   0   0   0   0   
31450731    31450731    0   0   -9  -9  0   0   0   2   0   0   
41940308    41940308    0   0   -9  -9  0   0   0   NA  0   0   
52428081    52428081    0   0   -9  -9  0   0   0   0   0   0   
41943104    41943104    0   0   -9  -9  0   0   0   0   0   0