Tenho vários arquivos com nomes como:
ID_Italy.txt
ID2_USA.txt
ID3_Germany.txt
.....
se eu quiser imprimir antes do _ eu posso fazer:
for file in *.txt; do print "${file%_*}";done
Resultado:
ID
ID2
ID3
Se eu quiser imprimir e remover a extensão:
for file in *.txt; do print "${file%.*}";done
Resultado:
ID_Italy
ID2_USA
ID3_Germany
No entanto, gostaria de levar apenas o que estiver entre _ e . e ter a seguinte saída:
Italy
USA
Germany
Como imprimir isso?
Eu tenho vários quadros de dados que se parecem com isso:
df1
col1;col2;col3;col4
cat;1;2;blue
house;1;2;red
dog;5;6;yellow
mouse;7;8;white
df2
col1;col2;col3;col4
cat;3;4;grey
house;7;8;red
dog;5;6;yellow
mouse;3;4;black
df3
col1;col2;col3;col4
cat;5;6;grey
house;3;4;red
dog;5;6;yellow
mouse;9;10;grey
Eu gostaria de subconjunto todas as linhas onde os valores de col2 e col3 são iguais ao valor de col2 e col3 de "cat" Os valores de col2 e col3 continuam mudando em cada quadro de dados, então não são constantes. A saída seria:
df1
col1;col2;col3;col4
cat;1;2;blue
house;1;2;red
df2
col1;col2;col3;col4
cat;3;4;grey
mouse;3;4;black
df3
col1;col2;col3;col4
cat;5;6;grey
dog;5;6;yellow
Alguma sugestão? Na verdade, posso usar o tempo todo awk:
awk -F";" '{if($2=="1" && $3=="2")print $0}' df1
awk -F";" '{if($2=="3" && $3=="4")print $0}' df2
awk -F";" '{if($2=="5" && $3=="6")print $0}' df3
mas eu tenho milhares de quadros de dados, então é problemático inserir manualmente os valores para cada linha de código
Tenho um arquivo (search.patterns) com uma lista de padrões a serem pesquisados em uma lista de outros arquivos txt.
padrões de pesquisa
home
dog
cat
arquivo 1.txt
home 3
tiger 4
lion 1
arquivo 2.txt
dolphin 6
jaguar 3
dog 1
arquivo 3.txt
donkey 3
cat 4
horse 1
então eu quero que a primeira linha do arquivo padrão seja pesquisada no arquivo1, a segunda linha pesquisada no arquivo2 e a terceira linha no arquivo3
Resultado:
home 3
dog 1
cat 4
Eu escrevi um código assim:
for f in *.txt;
do
while IFS= read -r LINE;
do grep -f "$LINE" "$f" > "$f.out"
done < search.patterns
done
No entanto, os arquivos de saída estão vazios
Qualquer ajuda, muito apreciada, obrigado
Eu sou novo em scripts de shell, então peço desculpas se isso foi perguntado antes.
Eu tenho um arquivo de coordenadas.txt assim:
765442
866447
755343
097754
Gostaria de passar cada valor de cada linha do arquivo para uma variável e usar esses valores um a um como entrada em uma linha de comando e salvar esse número em parte do nome do arquivo. Eu escrevi o seguinte código, mas não tenho certeza se este é o caminho correto a seguir ...
cat coordinates.txt | while read LINE; do
var="$(echo $LINE)"
/home/users/scripts/TreeView/TreeView.sh -o $NAME_ALL.chr1.new_estimate.trees.$var --bp_of_interest $var
done
então na saída -o cada valor um de cada vez é anexado ao nome do arquivo e cada valor também é usado como --bp_of_interest, um de cada vez
Qualquer sugestão muito apreciada. Obrigado
Eu tenho um arquivo que contém uma string muito longa de caracteres e gostaria de substituir uma substring dele por Ns. Exemplo:
teste
ABCDABCDABCD
Eu gostaria de substituir uma substring dela por todas as letras N com o comando awk e sed, todos os caracteres do índice 5 a 8, então o comprimento total da letra N é 4.
Resultado
ABCDNNNNABCD
Eu tentei algo assim:
awk '{ v=substr($0,5,4); sed -i "s/$v/N/g";print substr($0,1,4)""v""substr($0,9,12)}' test
no entanto, este comando parece dar esta saída:
ABCDABCDABC
E nenhuma substituição foi feita
Eu gostaria de ter no código o número do índice de onde começar a substituição, (aqui, por exemplo, é 5) e o número do comprimento da substituição (aqui 4), para que eu possa modificar esses números caso Eu quero começar em outra posição e para um comprimento diferente de substituições porque, na realidade, tenho uma string com milhares de letras e quero substituir centenas de caracteres, então a substituição de padrão não funciona no meu caso
Oi eu tenho um arquivo de texto com milhares de linhas que se parece com isso:
NNNNN
NNNNN
NNNNN
NNNNN
Eu gostaria de substituir com base em sua localização coordenar todas as letras dentro de um intervalo específico para outra letra, digamos que eu queira substituir todas as N letras da posição do intervalo 10 para a posição 13 para a letra P, a saída será:
NNNNN
NNNNP
PPPNN
NNNNN
Alguma sugestão sobre o comando que eu poderia usar?
Eu tenho um arquivo que se parece com:
arquivo.txt
NNNP
PPZL
ZZNN
Eu gostaria de substituir todas as letras para "N" e ter uma saída assim com o mesmo número de linhas que a entrada: (meu arquivo aqui tem 3 linhas, mas na realidade, meu arquivo tem milhares de linhas)
NNNN
NNNN
NNNN
De fato, posso apenas criar um novo arquivo com este comando:
printf %4s | tr " " "N" > file2.txt
yes "$(<file2.txt)" | head -n3
No entanto, alguém sabe se existe uma maneira mais simples de substituir todas as letras de uma só vez e manter a mesma matriz de colunas e linhas?
Sou novo em scripts de shell bash, peço desculpas se isso já foi solicitado.
Eu tenho combinações de vários arquivos, como:
USA.txt Florida.txt Miami.txt
Eu gostaria de juntar esses arquivos e criar um novo arquivo que contém tudo, como:
cat *.txt > USA_FLORIDA_MIAMI.txt
Em outro caso O problema é que em algum outro momento os arquivos têm um prefixo diferente:
Canada.txt Quebec.txt Montreal.txt
então neste segundo caso, a saída será CANADA_QUEBEC_MONTREAL.txt:
cat *.txt > CANADA_QUEBEC_MONTREAL.txt
e assim por diante para todas as combinações de outros arquivos
No primeiro cenário, USA.txt Florida.txt Miami.txt são os únicos arquivos .txt presentes no diretório. No segundo caso, eles serão substituídos por Canada.txt Quebec.txt Montreal.txt, então eu precisaria escrever um código que sempre combinasse as informações do prefixo de todos os arquivos .txt presentes naquele momento no diretório e adiciona-o ao prefixo do arquivo de saída. A variável aqui é o nome do País, Estado e Cidade.
Alguma sugestão sobre qualquer comando que eu poderia usar? obrigado
Eu tenho um arquivo.txt assim:
1
2
3
4
5
6
se eu quiser adicionar valor (Apple) em uma nova coluna com o comando awk eu posso fazer isso:
awk -v RS='\r\n' 'BEGIN { OFS = " " } {print $0, "Apple"}' file.txt > file_new.txt
que dará:
1 Apple
2 Apple
3 Apple
4 Apple
5 Apple
6 Apple
Agora, vamos supor que eu gostaria de ter esta saída:
1 Apple
2 Apple
3 Orange
4 Orange
5 Banana
6 Banana
Como modificar o comando awk?