No Ubuntu, quando a partição raiz fica cheia, você sempre pode executar apt-get autoremove, apt-get cleane apt-get autocleanliberar algum espaço para o gerenciador de pacotes continuar funcionando. Mas o comando equivalente no nixos parece ter alguns problemas em execução em uma partição raiz completa:
$ nix-collect-garbage
...
error: committing transaction: database or disk is full
Bastante complicado quando o motivo pelo qual você está executando, nix-collect-garbagepara começar, é limpar o disco inteiro.