Ao usar o comando LSF bjobs, gostaria de obter a saída de alteração instantânea se eu enviar outro trabalho, porque me sinto estressante para executar o mesmo comando repetidamente. Eu gostaria de algo como topatualizar a saída da lista de processos.
Em topque não é necessário, ele atualiza automaticamente de novo e de novo.
Eu gostaria de atualizar automaticamente a saída do bjobscomando automaticamente.
Meu principal problema é receber este erro:
Makefile:463: recipe for target 'znep.out' failed
depois de corrermake
Eu estava tentando instalar o GPAW (g Projector Augmented Wave method, para simulações DFT ) na minha máquina. O ASE está funcionando, e eu já instalei o Libxc , e compilei as bibliotecas BLAS conforme especificado aqui, mas ao executar 'make' no pacote extraído, sempre recebo o mesmo erro:
~/Downloads/lapack-3.8.0$ make
gfortran -O2 -frecursive -c -o zunt03.o zunt03.f
gfortran -o xeigtstz zchkee.o zbdt01.o zbdt02.o zbdt03.o zbdt05.o zchkbb.o zchkbd.o zchkbk.o zchkbl.o zchkec.o zchkgg.o zchkgk.o zchkgl.o zchkhb.o zchkhs.o zchkst.o zchkst2stg.o zchkhb2stg.o zckcsd.o zckglm.o zckgqr.o zckgsv.o zcklse.o zcsdts.o zdrges.o zdrgev.o zdrges3.o zdrgev3.o zdrgsx.o zdrgvx.o zdrvbd.o zdrves.o zdrvev.o zdrvsg.o zdrvsg2stg.o zdrvst.o zdrvst2stg.o zdrvsx.o zdrvvx.o zerrbd.o zerrec.o zerred.o zerrgg.o zerrhs.o zerrst.o zget02.o zget10.o zget22.o zget23.o zget24.o zget35.o zget36.o zget37.o zget38.o zget51.o zget52.o zget54.o zglmts.o zgqrts.o zgrqts.o zgsvts3.o zhbt21.o zhet21.o zhet22.o zhpt21.o zhst01.o zlarfy.o zlarhs.o zlatm4.o zlctes.o zlctsx.o zlsets.o zsbmv.o zsgt01.o zslect.o zstt21.o zstt22.o zunt01.o zunt03.o dlafts.o dlahd2.o dlasum.o dlatb9.o dstech.o dstect.o dsvdch.o dsvdct.o dsxt1.o alahdg.o alasum.o alasvm.o alareq.o ilaenv.o xerbla.o xlaenv.o chkxer.o ../../libtmglib.a ../../liblapack.a ../../librefblas.a
make[2]: Leaving directory '/home/joshua/Downloads/lapack-3.8.0/TESTING/EIG'
NEP: Testing Nonsymmetric Eigenvalue Problem routines
./EIG/xeigtstz < nep.in > znep.out 2>&1
Makefile:463: recipe for target 'znep.out' failed
make[1]: *** [znep.out] Error 139
make[1]: Leaving directory '/home/joshua/Downloads/lapack-3.8.0/TESTING'
Makefile:42: recipe for target 'lapack_testing' failed
make: *** [lapack_testing] Error 2
Eu usei a configuração padrão para o 'Makefile' que é proposto nas instruções de instalação. O arquivo padrão está aqui .
Alguma sugestão? Eu uso Kubuntu 17.10
Estou tentando executar um pacote que depende estritamente do Fortran 90, mas após rodar seu ./configurearquivo apresenta o seguinte erro:
configure: error: could not find Fortran 90 compiler
Existem várias fontes para compilar Fortran 95, mas não para 90.
Alguma sugestão?
Estou tentando obter dados de um arquivo que é assim:
6 6 1 0
0.1166667E+02 0.4826611E-09 0.4826611E-09 0.3004786E-09 0.5000000E-15
1.000000000000000E-004
CAR
system-001
10.51965443 -34.96542345 301 1.95329810 1.00000000
-15.558 0.1631E+01 0.1597E+02
-15.407 0.1661E+02 0.1779E+02
-15.255 0.4253E+01 0.1990E+02
-15.104 0.0000E+00 0.2000E+02
-14.952 0.0000E+00 0.2000E+02
-3.884 0.0000E+00 0.2000E+02
-3.732 0.0000E+00 0.2000E+02
-3.581 0.0000E+00 0.2000E+02
-3.429 0.0000E+00 0.2000E+02
-3.277 0.8214E-03 0.2000E+02
-3.126 0.3543E+00 0.2002E+02
1.726 0.1019E+01 0.4386E+02
1.877 0.5581E+00 0.4399E+02
2.029 0.0000E+00 0.4400E+02
2.181 0.0000E+00 0.4400E+02
2.332 0.0000E+00 0.4400E+02
2.484 0.0000E+00 0.4400E+02
2.636 0.0000E+00 0.4400E+02
2.787 0.0000E+00 0.4400E+02
2.939 0.0000E+00 0.4400E+02
3.090 0.0000E+00 0.4400E+02
3.242 0.0000E+00 0.4400E+02
3.394 0.0000E+00 0.4400E+02
3.545 0.0000E+00 0.4400E+02
3.697 0.0000E+00 0.4400E+02
3.849 0.0000E+00 0.4400E+02
4.000 0.0000E+00 0.4400E+02
4.152 0.6271E-01 0.4400E+02
4.303 0.4520E+01 0.4433E+02
4.455 0.5040E+01 0.4511E+02
Eu quero pegar sempre a quarta coluna da linha 6 (1.95329810 neste caso), então procurar seu valor mais próximo nas linhas seguintes, da primeira coluna (1.877 neste caso). Isso apenas para referenciar, depois de fundado isso, quero extrair a próxima linha cuja segunda coluna é diferente de zero (4.152).
Portanto, gostaria de obter 1,95329810 e 4,152 como saída, para poder subtraí-los e obter:
band_gap=4.152-$fermi_energy
Levando em consideração a resposta de @DopeGhoti, usei o código dele com uma instrução if:
#!/bin/bash
fermi_energy=$(awk 'NR==6 {printf $4}' DOSCAR-62.4902421.st)
awk -f go.awk DOSCAR-62.4902421.st
Onde go.awkestá o arquivo:
BEGIN {
test=0
}
NF == 3 && test == 0 && $2 != "0.0000E+00" {
keptvalue=$1
}
NF == 3 && test == 0 && $2 == "0.0000E+00" {
#print keptvalue
test=1
}
NF == 3 && test == 1 && $2 != "0.0000E+00" {
if ( sqrt(($fermi_energy-$1)**2) < 0.5 )
{
print $1
test=0
}
}
Mas acho que não é a maneira certa de usar variáveis bash dentro de um script awk.
PD Caso você esteja se perguntando , os dados representam os cálculos da densidade de estados dos elétrons de um óxido. A primeira coluna representa as energias do elétron, a segunda a quantidade do elétron naquele nível de energia. Portanto, ao procurar o próximo valor diferente de '0,0000E+00' desde o nível mais próximo da Energia de Fermi , podemos calcular a energia necessária para fazer os elétrons saltarem e conduzirem eletricidade. (Metais têm gap zero, portanto, não precisam de entrada de energia para conduzir eletricidade)