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Carlos Fernandes
Asked: 2025-02-15 20:49:19 +0800 CST

Como salvar a saída de cada iteração de um comando de loop em uma nova pasta diferente?

  • 772

Sou um novato em Unix, então peço desculpas se a solução para essa pergunta for muito fácil. Estou interessado em executar um script várias vezes (porque o processo/algoritmo não produz exatamente a mesma resposta em cada réplica; o objetivo é então obter uma média, intervalo de confiança, etc. das execuções de réplicas), e para isso estou tentando usar um loop (neste exemplo para 50 réplicas):

for i in {1..50}; do bash script.sh infile.txt; done

Mas assim, obviamente, a saída de cada nova iteração sobrescreve a saída da anterior. Gostaria de saber como posso salvar a saída (uma série de arquivos e pastas) de cada iteração em uma nova pasta diferente, ou seja, para um total de 50 pastas neste exemplo. Estou tentando fazer isso no terminal em um Mac.

Atualização: Desculpe, esqueci de mencionar que o script requer, para ser executado com sucesso, a leitura de um arquivo de parâmetros de entrada e usa/invoca um monte de executáveis, todos localizados dentro de uma pasta chamada PROGRAMMES. Então, em uma execução normal do script, ambos, mais o script e o infile, ficam na mesma pasta. Mais especificamente, a parte inicial do script contém os seguintes argumentos (aqui está um link para o script: https://github.com/esrud/GONE/blob/master/MacOSX/script_GONE.sh ):

### Set arguments

### Take input parameters from file INPUT_PARAMETERS_FILE

source INPUT_PARAMETERS_FILE

### EXECUTABLES FILES NEEDED IN DIRECTORY PROGRAMMES:

### MANAGE_CHROMOSOMES2
### LD_SNP_REAL3
### SUMM_REP_CHROM3
### GONE (needs gcc/7.2.0)
### GONEaverages
### GONEparallel.sh

Muito obrigado por qualquer sugestão/ajuda.

Carlos

bash

2 respostas

  1. Best Answer
    for dir in dir{01..50}; do
  mkdir -p "$dir" &&
    (cd "$dir" && exec bash ../script1 ../infile.txt)
done

    Basicamente o mesmo que o de @JdeHann, exceto que:

    • Os diretórios são numerados dir01, dir02... dir50, para que sejam classificados numericamente na saída, lspor exemplo.
    • verificamos o status de saída de mkdire cdantes de continuar.
    • usamos um subshell para que isso cdafete somente aquele subshell. Preferível no caso geral, pois cd ..nem sempre é garantido que você vá para o mesmo lugar de onde começou (como se o script movesse seu diretório de trabalho atual).

    Se o script precisar que os arquivos e outros recursos estejam no mesmo diretório, você pode usar links simbólicos:

    for dir in dir{01..50}; do
  mkdir -p "$dir" &&
    ln -sf ../{script1,infile.txt,other-required-resources} "$dir" &&
    (cd "$dir" && exec bash ./script1 infile.txt)
done

    Editar . Olhando para esse script agora que você forneceu um link para ele, entre os muitos erros de codificação lá, há source INPUT_PARAMETERS_FILEwhich should have been source ./INPUT_PARAMETERS_FILE.

    Com source INPUT_PARAMETERS_FILE, isso significa que INPUT_PARAMETERS_FILEé pesquisado em $PATH(e então no diretório de trabalho atual se não for encontrado, $PATHa menos que o bash seja executado no modo POSIX), o que provavelmente não foi intencional, mas aqui significa que podemos evitar adicionar um link simbólico a esse arquivo adicionando o diretório que contém esse arquivo a $PATH:

    (
  PATH=$PATH:$PWD
  for dir in dir{01..50}; do
    mkdir -p "$dir" &&
      ln -sf ../{KNP_sub24.3.{ped,map},PROGRAMMES} "$dir" &&
      (cd "$dir" && exec bash ../script_GONE.sh KNP_sub24.3)
  done
)
    • 4

  2. Que tal isto:

    for i in {1..50}; do
   mkdir -pv "${i}"
   cd "${i}" &&
   ../script.sh ../infile.txt; 
   cd ..
done

    Isso pressupõe que o script.sh exista no diretório de nível superior. Talvez você deva usar o mesmo no infile.txt.

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