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Felipe Evaristo
Asked: 2024-06-13 00:35:28 +0800 CST

tar: ./.tar.gz: arquivo alterado conforme o lemos | Os arquivos "sinalizados" não estão relacionados ao arquivo no qual o tar deve operar

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Estou tentando tarcompactar recursivamente todos os arquivos com .lammpstrjextensão na árvore de diretórios, começando no diretório cujo caminho está armazenado na variável home. homecontém o script contendo meus tarcomandos e 57 subdiretórios, cada um contendo um par de subsubdiretórios chamados Soft_Pushoffe Equilibrium_NVT. Cada diretório Soft_Pushoffou Equilibrium_NVTcontém um .lammpstrjarquivo. O loop que estou usando para realizar esta tarefa é:

for index in $(seq 1 57)
do
    cd $home/$index/Soft_Pushoff/
    file=`find ./ -mindepth 1 -maxdepth 1 -name "*.lammpstrj" -print`
    tar cvf - ./$file | gzip -9 - > $file.tar.gz
    cd $home/$index/Equilibration_NVT/
    file=`find ./ -mindepth 1 -maxdepth 1 -name "*.lammpstrj" -print`
    tar cvf - ./$file | gzip -9 - > $file.tar.gz
done

À medida que varre um dos 57 subdiretórios de home, esta seção do código geralmente imprime:

././equilibration_nvt.lammpstrj
././soft_pushoff.lammpstrj

para o terminal. No entanto, em 3 instâncias diferentes, isto é o que esta seção do código imprime:

././equilibration_nvt.lammpstrj
././soft_pushoff.lammpstrj
./
./time.txt
./soft_pushoff.restart.10000
./equilibration_nvt.lmp
./.tar.gz
tar: ./.tar.gz: file changed as we read it
./equilibration_nvt_pitzer.sh
./eps.txt
././soft_pushoff.lammpstrj
././equilibration_nvt.lammpstrj

Nenhum dos arquivos "sinalizados" tardeve ser operado pelos tarcomandos que estou usando, então estou confuso sobre por que eles estão listados ao lado da mensagem de aviso tar: ./.tar.gz: file changed as we read it? Além disso, nenhum desses arquivos está realmente mudando conforme tara operação nos .lammpstrjarquivos. O que poderia explicar esta mensagem de aviso e, o mais importante, posso confiar que nenhum dos .lammpstrj.tar.gzarquivos escritos pelos meus tarcomandos está corrompido, especialmente aqueles associados a esta mensagem de aviso?

Se isso for relevante, meu script está sendo executado em um servidor remoto. Os .lammpstrjarquivos que estou tentando compactar têm até 15,2 Gb de tamanho. Demora cerca de 2,5 dias para que meu script seja executado neste servidor remoto.

tar

2 respostas

  1. Se $fileestiver vazio, você acabará executando tar cvf - ./ | gzip -9 > .tar.gzo que causará a mensagem de erro que está vendo; você está selecionando o diretório atual, que incluirá arquivos que você não espera e o .tar.gzarquivo em si fará parte do arquivo.

    Ou você findnão está fazendo o que espera ou precisa fazer uma verificação de segurança notar

    por exemplo

    if [ -n "$file" ]
then
  tar ...
fi
    • 4
  2. Best Answer

    Você está honestamente complicando as coisas - use seu shell para obter uma lista de arquivos correspondentes e analise-os. E vamos nos livrar de todas as coisas anacrônicas aí - a substituição de processos geralmente é feita usando $(…)em vez de …hoje em dia (mais seguro para escrever e aninhado!), seq begin endé supérfluo quando você tem {begin..end}, e qualquer um tarque eu saiba foi capaz de aplicar gzip compressão em si desde... desde que uso computadores, eu acho. Portanto, todo o seu script se reduz a: (substituindo gzip --bestpor zstd -15(15 é uma configuração de compactação muito alta para zstd) após nossa discussão acima, onde você disse que a taxa de compactação é importante para você)

    for file in ${home}/{1..57}/{Soft_Pushoff,Equilibration_NVT}/.lammpstrj; do
   zstd -15 "${file}"
done

    É claro que você obterá uma compactação melhor se compactar todos os arquivos em um arquivo, pois suspeito que haja partes deles semelhantes e, portanto, comprima muito bem se você colocá-los no mesmo arquivo. Também é ainda mais fácil; nenhum forloop necessário

    cd home
tar -cvf - ${home}/{1..57}/{Soft_Pushoff,Equilibration_NVT}/.lammpstrj | zstd -15 -o lampstrj-archive.tar.zst
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