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Asked: 2023-05-11 08:15:08 +0800 CST

classificar por duas colunas numéricas

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Estou tentando classificar um arquivo genético com base em chr (coluna 2) e posição (coluna 3) que começam de baixo para cima. minha mesa esta assim em arquivo grande

SNP CHR BP  A1  A2  effect_allele_frequency BETA    standard_error  P
rs10875231  1   100000012   T   G   0.405   -0.0456807  0.02260471  0.04335677
rs6678176   1   100000827   C   T   0.383   0.02553138  0.02287662  0.2645817
rs78590530  1   100000948   A   G   0.016   0.171376    0.08757958  0.05035017
rs149636485 1   100001060   A   G   0.004   -0.03363731 0.1819208   0.8529224

Quero ordenar CHR (de 1 a 22) de forma que a posição também comece de baixo para cima desconsiderando outras colunas e para cada chr separadamente. Eu tentei este comando de classificação

sort -t $'\t' -nk3 myfile.tsv | sort -t $'\t' -nk2  > test.txt

dá ordem em chr (coluna 2), mas não em posição (coluna 3). parece que a coluna 1 interfere:

SNP CHR BP  A1  A2  effect_allele_frequency BETA    standard_error  P
rs1000033   1   226580387   G   T   0.416   0.02958699  0.02295015  0.1971771
rs1000050   1   162736463   T   C   0.378   0.06136397  0.02293639  0.007468015
rs1000070   1   222359612   C   T   0.381   0.02563547  0.02294139  0.2638107
rs1000073   1   157255396   G   A   0.387   -0.01470793 0.02273634  0.517414
rs1000085   1   66857915    C   G   0.024   -0.03536382 0.07555889  0.6394446
rs1000127   1   63432716    C   T   0.157   0.003052272 0.03045933  0.919875

Como posso classificar pela coluna 2 e depois apenas pela 3?

sort

1 respostas

  1. Best Answer

    Você precisa especificar todas as chaves na ordem de classificação em uma única sortinvocação e fornecer os campos finais:

    sort -n -k2,2 -k3,3

    sort -n -k3significa classificar comparando números formados por caracteres numéricos começando com o campo 3 (depois de pular os espaços em branco). A canalização para sort -n -k2classificações separadas pelo conteúdo do segundo campo e seguintes (até um caractere não numérico). Mas isso não explica sua produção...

    Consulte a descrição -ne -ka especificaçãosort para obter detalhes.

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