Estou tentando alterar as coordenadas de genes e mRNAs no meu gff. Quero que outras entradas como CDS e mRNA não sejam afetadas pelo meu código e ainda sejam listadas como estão na minha saída. O código que usei me dá erro de sintaxe. Preciso saber como posso obter a saída desejada.
minha entrada gff:
Chr01 xyz gene 210262 212819 . - . ID=Chr01.g13944
Chr01 xyz mRNA 210262 212819 . - . ID=Chr01.g13944;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz CDS 210262 210528 . - 0 ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz exon 210262 210528 . - . ID=Chr01.g13944.exon4;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz CDS 210622 210728 . - 2 ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz exon 210622 210728 . - . ID=Chr01.g13944.exon3;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz CDS 210933 212121 . - 0 ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz exon 210933 212121 . - . ID=Chr01.g13944.exon2;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz CDS 212730 212819 . - 0 ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz exon 212730 212819 . - . ID=Chr01B.g13944.exon1;Parent=Chr01B.g13944
Saída desejada:
Chr01 xyz gene 210162 212919 . - . ID=Chr01.g13944
Chr01 xyz mRNA 210162 212919 . - . ID=Chr01.g13944;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz CDS 210262 210528 . - 0 ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz exon 210262 210528 . - . ID=Chr01.g13944.exon4;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz CDS 210622 210728 . - 2 ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz exon 210622 210728 . - . ID=Chr01.g13944.exon3;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz CDS 210933 212121 . - 0 ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz exon 210933 212121 . - . ID=Chr01.g13944.exon2;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz CDS 212730 212819 . - 0 ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01 xyz exon 212730 212819 . - . ID=Chr01B.g13944.exon1;Parent=Chr01B.g13944
awk -F '\t' '{if ($3 ~ /gene/ || $3 ~ /mRNA/) print $1,$2,$3,$4-100,$5+100,$6,$7,$8,$9 || if ($3 ~ /CDS/ || $3 ~ /exon/) print$0}' input.gff > out.gff
Tentar:
isso apenas altera as coordenadas dos genomas do tipo "gene" e "mRNA" e deixa os outros tipos inalterados.