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Paolo Lorenzini
Asked: 2019-07-24 08:00:37 +0800 CST

Salvar cada linha de arquivo em diferentes variáveis ​​e usar cada variável uma a uma na entrada e saída da linha de comando

  • 772

Eu sou novo em scripts de shell, então peço desculpas se isso foi perguntado antes.

Eu tenho um arquivo de coordenadas.txt assim:

765442
866447
755343
097754

Gostaria de passar cada valor de cada linha do arquivo para uma variável e usar esses valores um a um como entrada em uma linha de comando e salvar esse número em parte do nome do arquivo. Eu escrevi o seguinte código, mas não tenho certeza se este é o caminho correto a seguir ...

cat coordinates.txt | while read LINE; do
    var="$(echo $LINE)"
    /home/users/scripts/TreeView/TreeView.sh -o $NAME_ALL.chr1.new_estimate.trees.$var --bp_of_interest $var
done

então na saída -o cada valor um de cada vez é anexado ao nome do arquivo e cada valor também é usado como --bp_of_interest, um de cada vez

Qualquer sugestão muito apreciada. Obrigado

shell-script shell

1 respostas

  1. Best Answer

    Seu loop é melhor escrito como

    PATH=/home/users/scripts/TreeView:$PATH

while IFS= read -r line; do
    TreeView.sh -o "$name_all.chr1.new_estimate.trees.$line" --bp_of_interest "$line"
done <coordinates.txt

    Isso altera o seguinte:

    • Eu adicionei /home/users/scripts/TreeViewà frente de $PATH. Isso nos permite chamar TreeView.shsem o caminho absoluto anexado a ele.
    • Eu deletei a varvariável, pois era exatamente o mesmo que o valor lido do arquivo de entrada.
    • Eu uso IFS= read -r lineporque " Entendendo "IFS= read -r line" ".
    • Eu usei nomes de variáveis ​​em minúsculas porque " Existem convenções de nomenclatura para variáveis ​​em scripts de shell? ".
    • Eu passo os dados do arquivo para o loop com um redirecionamento, porque usar catnesta instância simplesmente não é necessário.

    Outra maneira de fazer a mesma coisa:

    PATH=/home/users/scripts/TreeView:$PATH

xargs -I {} TreeView.sh -o "$name_all.chr1.new_estimate.trees.{}" --bp_of_interest "{}" <coordinates.txt

    Isso usa xargspara inserir os dados lidos de cada linha coordinates.txtnos argumentos do TreeView.shscript nos locais indicados por {}.

    Você pode até adicionar -P nà xargslinha de comando (por exemplo, antes -I {}de , onde né algum número) para executar tantas instâncias paralelas do script de uma só vez, cada uma com os dados apropriados inseridos em sua linha de comando de coordinates.txt.

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