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Joshua Salazar
Asked: 2018-02-28 15:44:49 +0800 CST

Usando variáveis ​​if e shell dentro de um script awk

  • 772

Estou tentando obter dados de um arquivo que é assim:

  6   6   1   0
  0.1166667E+02  0.4826611E-09  0.4826611E-09  0.3004786E-09  0.5000000E-15
  1.000000000000000E-004
  CAR 
 system-001                       
     10.51965443    -34.96542345  301      1.95329810      1.00000000
-15.558  0.1631E+01  0.1597E+02
-15.407  0.1661E+02  0.1779E+02
-15.255  0.4253E+01  0.1990E+02
-15.104  0.0000E+00  0.2000E+02
-14.952  0.0000E+00  0.2000E+02
 -3.884  0.0000E+00  0.2000E+02
 -3.732  0.0000E+00  0.2000E+02
 -3.581  0.0000E+00  0.2000E+02
 -3.429  0.0000E+00  0.2000E+02
 -3.277  0.8214E-03  0.2000E+02
 -3.126  0.3543E+00  0.2002E+02
  1.726  0.1019E+01  0.4386E+02
  1.877  0.5581E+00  0.4399E+02
  2.029  0.0000E+00  0.4400E+02
  2.181  0.0000E+00  0.4400E+02
  2.332  0.0000E+00  0.4400E+02
  2.484  0.0000E+00  0.4400E+02
  2.636  0.0000E+00  0.4400E+02
  2.787  0.0000E+00  0.4400E+02
  2.939  0.0000E+00  0.4400E+02
  3.090  0.0000E+00  0.4400E+02
  3.242  0.0000E+00  0.4400E+02
  3.394  0.0000E+00  0.4400E+02
  3.545  0.0000E+00  0.4400E+02
  3.697  0.0000E+00  0.4400E+02
  3.849  0.0000E+00  0.4400E+02
  4.000  0.0000E+00  0.4400E+02
  4.152  0.6271E-01  0.4400E+02
  4.303  0.4520E+01  0.4433E+02
  4.455  0.5040E+01  0.4511E+02

Eu quero pegar sempre a quarta coluna da linha 6 (1.95329810 neste caso), então procurar seu valor mais próximo nas linhas seguintes, da primeira coluna (1.877 neste caso). Isso apenas para referenciar, depois de fundado isso, quero extrair a próxima linha cuja segunda coluna é diferente de zero (4.152).

Portanto, gostaria de obter 1,95329810 e 4,152 como saída, para poder subtraí-los e obter:

band_gap=4.152-$fermi_energy

Levando em consideração a resposta de @DopeGhoti, usei o código dele com uma instrução if:

#!/bin/bash
fermi_energy=$(awk 'NR==6 {printf $4}' DOSCAR-62.4902421.st)
awk -f go.awk DOSCAR-62.4902421.st

Onde go.awkestá o arquivo:

BEGIN { 
test=0
}
NF == 3 && test == 0 && $2 != "0.0000E+00" {
   keptvalue=$1
}
NF == 3 && test == 0 && $2 == "0.0000E+00" {
   #print keptvalue
   test=1
}
NF == 3 && test == 1 && $2 != "0.0000E+00" {
   if ( sqrt(($fermi_energy-$1)**2) < 0.5 ) 
   {
       print $1
       test=0
   }
}

Mas acho que não é a maneira certa de usar variáveis ​​bash dentro de um script awk.

PD Caso você esteja se perguntando , os dados representam os cálculos da densidade de estados dos elétrons de um óxido. A primeira coluna representa as energias do elétron, a segunda a quantidade do elétron naquele nível de energia. Portanto, ao procurar o próximo valor diferente de '0,0000E+00' desde o nível mais próximo da Energia de Fermi , podemos calcular a energia necessária para fazer os elétrons saltarem e conduzirem eletricidade. (Metais têm gap zero, portanto, não precisam de entrada de energia para conduzir eletricidade)

awk data

2 respostas

  1. Best Answer

    A resposta abaixo faz uma série de mudanças em sua técnica.

    1. Faça tudo em um único awkprograma em vez de dois. Você pode fazer isso porque sua segunda execução lida apenas com linhas após a linha 6:

    2. Atribua corretamente seu valor fermi_energy da linha 6.

    3. Não é mais necessário verificar NF==3porque todas as linhas após a linha 6 atendem a esse critério.

    4. Elimine a variável teste, em vez disso, vamos manter uma guia contínua da diferença mínima entre fermi_energye $1. Para isso, criaremos uma variável minque inicialmente terá um valor ridiculamente grande, com garantia de falha no primeiro teste. Também atribuiremos nomes compreensíveis às outras variáveis ​​e imprimiremos apenas um resultado, após testar todas as linhas do arquivo.

    5. Substitua seu teste de valor absoluto computacionalmente pesado por um teste de zero computacionalmente leve.

    6. Observe que awksuporta notação científica de ponto flutuante. Por exemplo, em um printfcomando, pode-se usar o formato %E. Como de costume, consulte a manpágina ou seu mecanismo de pesquisa favorito para saber mais.

    7. Tudo isso feito sem nenhum conhecimento de física de partículas, então posso ter entendido algo errado. Perdão. Se assim for, espero que pelo menos isso o coloque no caminho certo.

      awk '
    BEGIN  { min=1000 ; jump_energy="INIT" }
    function abs(v) {return v < 0 ? -v : v}
    NR==6 {fermi_energy=$4}
    NR>6 {
        if (jump_energy != 0) {
            this_diff=abs(fermi_energy-$1)
            if (this_diff < min) {
                min=this_diff
                energy_level=0
                jump_energy=0
                getline
            }
        }
        if (jump_energy == 0  && $2 != "0.0000E+00") {
            energy_level=$1
            jump_energy=$2
        }
    }
    END {
        printf "  Fermi Energy: %f\n  Energy Level: %f\n  Jump Energy: %E\n", fermi_energy, energy_level, jump_energy
    }'
    • 3 
  2. awk 'NR == 6 { fe = $4 }
     NR > 6 && $1 > fe && $2 > 0 { print fe, $1; exit }' file

    Para os dados de entrada fornecidos, fileisso produzirá

    1.95329810 4.152

    O awkscript ignora as primeiras cinco linhas de entrada. Na linha seis, ele escolhe o quarto campo e o atribui à variável fe(com exceção de "Fermi energy".

    O código então assume que os valores na coluna um estão aumentando, e quando o primeiro desses valores da primeira coluna atinge um valor acima do valor armazenado em fe, e se a segunda coluna for diferente de zero, ele imprime fee o valor da primeira coluna e sai.

    Infelizmente, não entendo totalmente seu segmento de código mais longo, pois não há explicação do que você realmente deseja que ele faça.

    • 0

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