Você pode usar a operação de “copiar” zip(1)e algumas alterações no caminho do arquivo. Tem a vantagem de copiar fluxos de dados compactados diretamente para o arquivo de destino sem descompactação intermitente.

#!/bin/bash
src=Data.zip
dst=.

LC_ALL=C unzip -l "$src" |
sed -re '1,/^-{6}/d; /^-{6}/,$d; /\/$/d; s/^\s*(\S+\s+){3}//' |
while read -r f; do
    out="${f##*/}"; out="$dst/${f%%/*}_zipped/${out%.*}.zip"
    if [ ! -d "${out%/*}" ]; then
        mkdir -p "${out%/*}" || return
    fi
    zip --copy "$src" --out "$out" "$f" <&- || return
done

Acrescentei LC_ALL=Cà invocação de unzipporque seu formato de saída parece um pouco esquisito em diferentes implementações e quero evitar, pelo menos, variantes de saída dependentes de localidade.

Isso deve ser capaz de fazer o que você deseja:

#!/bin/bash

#Name of zip file
filename="$1"

# Check if valid zip file is passed
if file "$filename" | grep -wq "Zip archive data";
then    

        # List the contents of the zip file
        unzip -l "$filename" 

        # Make the destination folder
        # after checking they don't exist
        if [ ! -d Data_zipped ]; 
        then
                mkdir Data_zipped
        fi
        #make temporary folder
        #for extracted files
        tempdir=$(mktemp -d)            
        # Make temporary file to hold the filenames
        mysrc=$(mktemp)

        # Get the filesnames from the zip folder
        unzip -c Data.zip | cut -d" " -f3- | grep -E -o "[^Data/].*" | grep -Ev \(.zip\) | sed '/^\s*$/d' > "$mysrc"           

        while read -r var;
        do
                unzip -j "$filename" "Data/$var" -d "$tempdir/"                    
                # Get name of file from each read line
                zip Data_zipped/"$var".zip "$tempdir/$var"
                # remove the original file
                rm -rf "$tempdir/${var:?}"

        done < "$mysrc"           

else
        echo "Invalid file type: \"zip\" file required"
        exit 1
fi

Nota :

Estrutura de árvore usada:

Data
├── file_10.txt
├── file_1.txt
...

Você já pensou em procurar um sistema de arquivos fuse com suporte a zip ?

Isso basicamente expõe o arquivo zip como um diretório regular, do qual qualquer aplicativo pode abrir e ler arquivos, enquanto a biblioteca fuse lida com os detalhes sujos de leitura e gravação do fluxo compactado.

No Ubuntu você pode instalá-lo comsudo apt install fuse-zip

Depois de instalar o fuse-zip, você pode montar um arquivo zip com fuse-zip /path/to/some.zip mnt/, onde mnt é um diretório vazio de sua escolha.

Após terminar, desmonte-o com fusermount -u mnt/, onde mnt é o diretório onde você o montou.

fuse-zip até criará o zip instantaneamente para você, se não existir.

você pode descompactar os arquivos contidos em Data.zip um por um: unzip Data.zip file1.txt e comprimi-los.

mkdir Data_unzipped  
for i in `seq 1 100`  # or whatever the number of your files is
do
  unzip Data.zip file_${i}.txt
  zip Data_unzipped/file_${i}.zip file_${i}.txt
  rm file_${i}.txt
done