As instruções de instalação do Sage basicamente me dizem para apenas descompactá-lo e executá-lo de onde eu quiser. Não sendo experiente com a maneira Linux de onde as coisas devem ir no sistema de arquivos, estou meio perdido onde devo colocá-lo melhor. Colocá-lo em algum lugar do meu diretório pessoal parece errado.
Para onde você extrairia? /opt?
O Linux Filesystem Hierarchy Standard que faz parte do Linux Standard Base recomenda usar /opt. Só tive boas experiências com isso. Muitos pacotes comerciais também entram em opt e ficam em sua própria pasta lá.
/opt é uma opção viável. Algumas pessoas o instalam em /usr/local/
Eu uso SAGEMATH também. Na verdade, você pode colocá-lo onde quiser. Eu costumo apenas colocá-lo em meu foler home. Exp, '~/Softwares/SAGE'. E, claro, você pode fazer alguns links para conveniência.