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mLstudent33
Asked: 2020-10-16 21:45:11 +0800 CST

a instalação do openmpi falha localmente e no servidor remoto

  • 772

Eu tentei instalar a versão 4.0.5.tar.gzem um servidor Ubuntu 18.04 LTS na escola, mas falhou seguindo as instruções aqui que dizem:

shell$ gunzip -c openmpi-4.0.5.tar.gz | tar xf -
shell$ cd openmpi-4.0.5
shell$ ./configure --prefix=/usr/local
<...lots of output...>
shell$ make all install

Então eu tentei a versão 3.1.6 e falhou novamente.

O erro foi:

  make[2]: Nothing to be done for 'install-exec-am'.
 /bin/mkdir -p '/usr/local/share/openmpi/amca-param-sets'
 /usr/bin/install -c -m 644 amca-param-sets/example.conf '/usr/local/share/openmpi/amca-param-sets'
/usr/bin/install: cannot remove '/usr/local/share/openmpi/amca-param-sets/example.conf': Permission denied
Makefile:1806: recipe for target 'install-dist_amca_paramDATA' failed
make[2]: *** [install-dist_amca_paramDATA] Error 1
make[2]: Leaving directory '/home/T00057442/openmpi31/openmpi-3.1.6/contrib'
Makefile:1897: recipe for target 'install-am' failed
make[1]: *** [install-am] Error 2
make[1]: Leaving directory '/home/T00057442/openmpi31/openmpi-3.1.6/contrib'
Makefile:1896: recipe for target 'install-recursive' failed
make: *** [install-recursive] Error 1

para a versão 3.1.6 no servidor e localmente:

make[2]: Nothing to be done for 'install-exec-am'.
 /bin/mkdir -p '/usr/local/share/openmpi/amca-param-sets'
/bin/mkdir: cannot create directory ‘/usr/local/share/openmpi’: Permission denied
Makefile:1789: recipe for target 'install-dist_amca_paramDATA' failed
make[2]: *** [install-dist_amca_paramDATA] Error 1
make[2]: Leaving directory '/media/nobu/UbuntuFiles/Downloads/openmpi-4.0.5/contrib'
Makefile:1880: recipe for target 'install-am' failed
make[1]: *** [install-am] Error 2
make[1]: Leaving directory '/media/nobu/UbuntuFiles/Downloads/openmpi-4.0.5/contrib'
Makefile:1879: recipe for target 'install-recursive' failed
make: *** [install-recursive] Error 1

então as duas vezes é install-am? O que é isso e alguém instalou com sucesso o openmpi ou o mpich? Eu preciso disso para o Ray Surveyor: http://zorino.github.io/raysurveyor-tutorial/#/42

Edit: eu corro

base) nobu@gold3forever:~/Desktop/BioInformatics/RA/kover/ray$ mpiexec --version
mpiexec: error while loading shared libraries: libopen-rte.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory

então tentei:

(base) nobu@gold3forever:~/Desktop/BioInformatics/RA/kover/ray$ mpirun --version
mpirun: error while loading shared libraries: libopen-rte.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory

Finalmente

(base) nobu@gold3forever:~/Desktop/BioInformatics/RA/kover/ray$ mpicxx --showme:version
mpicxx: error while loading shared libraries: libopen-pal.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory

Achei que estava tudo bem, seguindo as instruções de @NOrbert em sua resposta, mas quando tento instalar o Ray Surveyor, recebo

(base) nobu@gold3forever:~/Desktop/BioInformatics/RA/kover/ray$ make PREFIX=`pwd`/BUILD MAXKMERLENGTH=64 HAVE_LIBZ=y HAVE_LIBBZ2=y ASSERT=n;
  CXX code/application_core/ray_main.o
mpicxx: error while loading shared libraries: libopen-pal.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
Makefile:160: recipe for target 'code/application_core/ray_main.o' failed
make: *** [code/application_core/ray_main.o] Error 127
command-line compiling make

3 respostas

  1. De acordo com o comentário acima, sudo ldconfigli nesse link após as etapas fornecidas por @NOrbert.

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  2. Best Answer

    Você não precisa compilar o OpenMPI sozinho.

    Este pacote é apresentado nos repositórios do Ubuntu.

    Basta instalá-lo com:

    sudo apt-add-repository universe
sudo apt-get install libopenmpi-dev

    e então continue com a compilação apenas do Ray Surveyor.

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  3. Recebi este erro ao tentar instalar o OpenMPI 4.0.0 no Ubuntu 18.04. Eu queria essa versão específica para outra biblioteca. Eu resolvi isso executando sudo make all installem vez de make all install. Você também pode notar esse erro nos logs de erro da pergunta ( Permission denied).

    • 0

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