Como corrigir proporção incorreta em arquivos de vídeo

Eu tenho vários arquivos de vídeo de vários formatos (principalmente MP4 e FLV) que aparentemente foram codificados com a proporção errada, então quando eles são reproduzidos com configurações padrão, eles aparecem esticados. Se eu selecionar a proporção correta manualmente no player, eles ficarão bem, mas é irritante fazer isso todas as vezes. Existe uma ferramenta para corrigir isso no próprio arquivo, de preferência a partir da linha de comando e sem recodificação?